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万見
- PDB-1ddl: DESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddl
タイトルDESMODIUM YELLOW MOTTLE TYMOVIRUS
要素
  • DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
  • RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVirus/RNA / PLANT VIRUS / DYMV / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / TYMOVIRUSES / WATER STRUCTURE / RNA / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Coat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desmodium yellow mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J. / Canady, M.A. / Greenwood, A. / McPherson, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Refined structure of desmodium yellow mottle tymovirus at 2.7 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J. / Canady, M.A. / Greenwood, A. / McPherson, A.
履歴
登録1999年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
A: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
B: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
C: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7015
ポリマ－62,7015
非ポリマー00
水5,134285
1
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
A: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
B: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
C: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,762,047300
ポリマ－3,762,047300
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
A: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
B: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
C: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 314 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,50425
ポリマ－313,50425
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
A: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
B: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
C: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 376 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,20530
ポリマ－376,20530
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
A: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
B: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
C: DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 314 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,50425
ポリマ－313,50425
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)348.546, 348.546, 348.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2006-

HOH

21C-2702-

HOH

31C-2703-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRAL RNA FRAGMENT / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*U)-3')


分子量: 567.374 Da / 分子数: 1 / 断片: VIRAL RNA FRAGMENT / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DESMODIUM YELLOW MOTTLE VIRUS


分子量: 20011.734 Da / 分子数: 3 / 断片: VIRAL COAT PROTEIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desmodium yellow mottle virus (ウイルス)
属: Tymovirus / 参照: UniProt: O89511
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 295 K
手法: 蒸気拡散法, both sitting drop, ハンギングドロップ法
pH: 4.8
詳細: 2 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, BOTH SITTING DROP AND HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM FORMATE11
2SODIUM ACETATE11
3POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER11
4SODIUM FORMATE12
5SODIUM ACETATE12
6POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mg/mlprotein1drop
22.0-2.2 Msodium formate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir
41
51
61

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 178705 / Num. obs: 178705 / % possible obs: 68.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / % possible all: 82.7
反射
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / Num. measured all: 574527

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS

解像度: 2.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 1.5
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER FOR PROTEIN, X-PLOR PARAMETER FILE FOR RNA: DNA-RNA-ALLH3NEW.PARAM
詳細: SIMULATED ANNEALING AND CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 13357 9.9 %RANDOM
Rwork0.151 ---
all0.206 178705 --
obs0.152 134454 68.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 182 0 285 4670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na2.38
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na39.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na2.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.611.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.862
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it13.712
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it23.412.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 716 9.5 %
Rwork0.221 6860 -
obs--39.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1parhcsdx.protophcsdx.pro
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-allh3new.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3param19.sol
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.241 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rwork: 0.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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