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- PDB-1dct: DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dct
タイトルDNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
  • PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
キーワードTRANSFERASE/DNA / ENZYME / CYTOSINE METHYLASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HaeIII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae biotype aegyptius (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Reinisch, K.M. / Chen, L. / Verdine, G.L. / Lipscomb, W.N.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of HaeIII methyltransferase convalently complexed to DNA: an extrahelical cytosine and rearranged base pairing.
著者: Reinisch, K.M. / Chen, L. / Verdine, G.L. / Lipscomb, W.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Prelimanary Crystallographic Analysis of a DNA (Cytosine-5) -Methyltransferase from Haemophilus Aegyptius Bound Covalently to DNA
著者: Reinisch, K.M. / Chen, L. / Verdine, G.L. / Lipscomb, W.N.
履歴
登録1995年5月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
B: PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4948
ポリマ－96,4146
非ポリマー802
水00
1
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2474
ポリマ－48,2073
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
B: PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2474
ポリマ－48,2073
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.570, 108.040, 155.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細THIS FILE CONTAINS 2 PROTEIN-DNA COMPLEXES IN THE ASYMMETRIC UNIT. PROTEIN MONOMER A IS COVALENTLY BOUND TO A DNA DUPLEX CONSISTING OF CHAINS F AND M, AND PROTEIN MONOMER B IS COVALENTLY LINKED TO A DUPLEX CONSISTING OF CHAINS G AND N. THERE ARE TWO SPECIAL NUCLEOTIDE BASES INCORPORATED INTO EACH DNA DUPLEX - ONE IRREGULAR BASE IN EACH CHAIN. ONE OF THESE BASES IS A CYTOSINE METHYLATED AT THE 5-POSITION, AND THE OTHER (DESCRIBED IN MORE DETAIL BELOW) IS USED TO COVALENTLY LINK THE DNA TO THE PROTEIN. THE DNA AT THE RECOGNITION SITE IS VERY DISTORTED: THERE IS AN EXTRAHELICAL CYTOSINE (THE MODIFIED ONE COVALENTLY LINKED TO THE PROTEIN VIA CYS 71: +C F 10 AND +C G 10) AND BASE PAIRING IN THE DNA RECOGNITION SEQUENCE IS REORGANIZED. THERE ARE ALSO TWO CA+2 IONS IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 5559.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 5553.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (MODIFICATION METHYLASE HAEIII) / E.C.2.1.1.73 / CYTOSINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE / HAEIII / M.HAEIII


分子量: 37093.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haemophilus influenzae biotype aegyptius (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: biotype aegyptius / 参照: UniProt: P20589, EC: 2.1.1.73
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 350011
3GLYCEROL11
4CACL211
5MES11
6DTT11
7WATER12
8PEG 350012
9GLYCEROL12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMMES1reservoirpH6.5
2120 mM1reservoirCaCl2
39-13 %PEG35001reservoir
413 %glycerol1reservoir
51 mMdithiothreitol1reservoir
61
71
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å / Num. all: 129524 / Num. obs: 26866 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 129524

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解析

ソフトウェア
名称分類
R-AXISデータ収集
X-PLOR精密化
R-AXISデータ削減
精密化解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 -
Rwork0.226 -
obs0.226 22801
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 1408 8 0 6914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.33
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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