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- PDB-1dcm: STRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N WITH AN ATYPICAL CONFORMER (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dcm
タイトルSTRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N WITH AN ATYPICAL CONFORMER (MONOMER A)
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
キーワードTRANSCRIPTION / DOUBLY WOUND FIVE-STRANDED BETA/ALPHA FOLD / NITROGEN FIXATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein FixJ
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Gouet, P. / Fabry, B. / Guillet, V. / Birck, C. / Mourey, L. / Kahn, D. / Samama, J.P.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Structural transitions in the FixJ receiver domain.
著者: Gouet, P. / Fabry, B. / Guillet, V. / Birck, C. / Mourey, L. / Kahn, D. / Samama, J.P.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Conformational changes induced by phosphorylation of the FixJ receiver domain
著者: Birck, C. / Mourey, L. / Gouet, P. / Fabry, B. / Schumacher, J. / Rousseau, P. / Kahn, D. / Samama, J.P.
履歴
登録1999年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7843
ポリマ－27,7602
非ポリマー241
水21612
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8801
ポリマ－13,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9042
ポリマ－13,8801
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.600, 34.800, 66.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細unphosphorylated FixJN is a monomeric protein

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ


分子量: 13880.008 Da / 分子数: 2 / 断片: FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126) / 変異: T2Q, A125L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10958
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細15P IS AN N=6 FRAGMENT OF POLYETHYLENE GLYCOL 1500 (N=34). THE REST OF THE MOLECULE WAS NOT VISIBLE ...15P IS AN N=6 FRAGMENT OF POLYETHYLENE GLYCOL 1500 (N=34). THE REST OF THE MOLECULE WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG1500, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 40 %
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.1 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
540 %(w/v)PEG15001reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 14984 / Num. obs: 4760 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Num. unique all: 461 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. measured all: 14984

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 1DBW

1dbw


解像度: 3→14.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 979414.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.335 515 11 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.258 4796 --
obs0.248 4663 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.7 Å2 / ksol: 0.256 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.53 Å20 Å25.55 Å2
2--6.99 Å20 Å2
3----1.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→14.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 0 13 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.592.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 89 11.4 %
Rwork0.317 692 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ID14FIT
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 11 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 58.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.424 / Rfactor Rwork: 0.317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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