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- PDB-1dch: CRYSTAL STRUCTURE OF DCOH, A BIFUNCTIONAL, PROTEIN-BINDING TRANSC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dch
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DCOH, A BIFUNCTIONAL, PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTION COACTIVATOR
要素DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
キーワードTRANSCRIPTIONAL STIMULATOR / DIMERIZATION / TRANSCRIPTIONAL SIMULATOR / DIMERIZATION COFACTOR / DEHYDRATASE / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding ...Phenylalanine metabolism / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase activity / regulation of protein binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional coactivator/pterin dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase superfamily / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Wang, W. / Crabtree, G.R. / Alber, T.
引用ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of DCoH, a bifunctional, protein-binding transcriptional coactivator.
著者: Endrizzi, J.A. / Cronk, J.D. / Wang, W. / Crabtree, G.R. / Alber, T.
履歴
登録1995年1月24日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
B: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
C: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
D: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
E: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
F: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
G: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
H: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,90916
ポリマ－96,1418
非ポリマー7698
水00
1
A: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
B: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
C: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
D: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4558
ポリマ－48,0704
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
2
E: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
F: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
G: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
H: DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4558
ポリマ－48,0704
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.650, 105.650, 196.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: MET A 103 - THR A 104 OMEGA = 143.40 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

-
要素

#1: タンパク質
DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1) / PHS / PHENYLALANINE HYDROXYLASE STIMULATOR PROTEIN / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / PCD


分子量: 12017.603 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 解説: GST-FUSION / 器官: LIVER / プラスミド: PGEX-2T (PHARMACIA) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61459
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化pH: 7.2
詳細: pH 7.2 COMPND ROOM TEMP., 1.7M AMSO4, .1M HEPES, PH 7.2.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein11
25 mM12KPO4
35 mMmethionine12
41.2 Mammonium sulfate12
52 %PEG40012
60.1 MHEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.54
検出器日付: 1994年5月26日
放射モノクロメーター: RAXIS II C / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 21436 / % possible obs: 82.2 % / Num. measured all: 86670 / Rmerge(I) obs: 0.06

-
解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.184 18054
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6495 0 40 0 6535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.042
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 12 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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