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- PDB-1dc8: STRUCTURE OF A TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED "SWITCH" IN BACTERIAL S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dc8
タイトルSTRUCTURE OF A TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED "SWITCH" IN BACTERIAL SIGNAL TRANSDUCTION
要素NITROGEN REGULATION PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / RECEIVER DOMAIN / PHOSPHORYLATION / SIGNAL TRANSDUCTION / CONFORMATIONAL REARRANGEMENT / TWO-COMPONENT SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / nitrogen fixation / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding transcriptional regulator NtrC / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain ...DNA-binding transcriptional regulator NtrC / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding transcriptional regulator NtrC
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kern, D. / Volkman, B.F. / Luginbuhl, P. / Nohaile, M.J. / Kustu, S. / Wemmer, D.E.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of a transiently phosphorylated switch in bacterial signal transduction.
著者: Kern, D. / Volkman, B.F. / Luginbuhl, P. / Nohaile, M.J. / Kustu, S. / Wemmer, D.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Three-Dimensional Solution Structure of the N-Terminal Receiver Domain of NTRC
著者: Volkman, B.F. / Nohaile, M.J. / Amy, N.K. / Kustu, S. / Wemmer, D.E.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN REGULATION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7171
ポリマ－13,7171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルclosest to the average

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要素

#1: タンパク質 NITROGEN REGULATION PROTEIN / NTRC


分子量: 13716.585 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RECEIVER DOMAIN(1-124) / 変異: D54(ASQ) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41789

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1223D 13C-SEPARATED NOESY
1332D NOESY
NMR実験の詳細Text: PHOSPHORYLATION (>95%) COULD BE MAINTAINED FOR 36 HR. TO OBTAIN SUFFICIENT S/N IN 3D NOESY EXPERIMENTS, MULTIPLE (TYPICALLY 4) COMPLETE 3D DATASETS WERE ACQUIRED ON FRESHLY PREPARED SAMPLES AND ...Text: PHOSPHORYLATION (>95%) COULD BE MAINTAINED FOR 36 HR. TO OBTAIN SUFFICIENT S/N IN 3D NOESY EXPERIMENTS, MULTIPLE (TYPICALLY 4) COMPLETE 3D DATASETS WERE ACQUIRED ON FRESHLY PREPARED SAMPLES AND THEN COADDED TO YIELD HIGH-QUALITY DATASETS FOR STRUCTURE DETERMINATION.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.3 MM NTRC(1-124) U-15N; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
20.3 MM NTRC(1-124) U-15N,13C; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
30.3 MM NTRC(1-124) U-15N; 200 MM SODIUM PHOSPHATE, PH 6.75; 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE; 200 MM CARBAMOYLPHOSPHATE
試料状態イオン強度: 250-500 mM / pH: 6.75 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5PETER GUENTERT構造決定
Felix95MSI解析
XwinNMR1.5BRUKERcollection
DYANA1.5PETER GUENTERTデータ解析
XEASY1.3.13MUMENTHALERデータ解析
DYANA1.5PETER GUENTERT精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE BASED ON A TOTAL OF 1301 UNIQUE DISTANCE CONSTRAINTS (OBTAINED FROM 3095 NOE CROSSPEAKS), INCLUDING 374 INTRARESIDUE, 405 SHORT-RANGE, 228 MEDIUM RANGE AND 294 LONG-RANGE ...詳細: STRUCTURE BASED ON A TOTAL OF 1301 UNIQUE DISTANCE CONSTRAINTS (OBTAINED FROM 3095 NOE CROSSPEAKS), INCLUDING 374 INTRARESIDUE, 405 SHORT-RANGE, 228 MEDIUM RANGE AND 294 LONG-RANGE CONSTRAINTS. DYANA 1.5 ANNEAL COMMAND (10000 STEPS) USED TO GENERATE 40 CONFORMERS. 20 LOWEST TARGET FUNCTION STRUCTURES ANALYZED. CONFORMER 4 CHOSEN FOR DEPOSITION AS CLOSEST TO MEAN COORDINATES OF THE ENSEMBLE.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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