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- PDB-1dc1: RESTRICTION ENZYME BSOBI/DNA COMPLEX STRUCTURE: ENCIRCLEMENT OF T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dc1
タイトルRESTRICTION ENZYME BSOBI/DNA COMPLEX STRUCTURE: ENCIRCLEMENT OF THE DNA AND HISTIDINE-CATALYZED HYDROLYSIS WITHIN A CANONICAL RESTRICTION ENZYME FOLD
要素
  • BSOBI RESTRICTION ENDONUCLEASE
  • DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENDONUCLEASE / THERMOPHILIC ENZYME / DEGENERATE DNA RECOGNITION / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease BsobI, helical domain / Restriction endonuclease, type II, AvaI/BsoBI / Restriction endonuclease, type II, AvaI/BsoBI, helical domain / Restriction endonuclease BsobI / Restriction Endonuclease - #10 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Restriction endonuclease BsobI, helical domain / Restriction endonuclease, type II, AvaI/BsoBI / Restriction endonuclease, type II, AvaI/BsoBI, helical domain / Restriction endonuclease BsobI / Restriction Endonuclease - #10 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / DNA / DNA (> 10) / Type-2 restriction enzyme BsoBI
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者van der Woerd, M.J. / Pelletier, J.J. / Xu, S.-Y. / Friedman, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Restriction enzyme BsoBI-DNA complex: a tunnel for recognition of degenerate DNA sequences and potential histidine catalysis.
著者: van der Woerd, M.J. / Pelletier, J.J. / Xu, S. / Friedman, A.M.
#1: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1996
タイトル: Cloning and sequence comparison of AvaI and BsoBI restriction modification systems
著者: Ruan, H. / Lunnen, K.D. / Scott, M.E. / Moran, L.S. / Slatko, B.E. / Pelletier, J.J. / Hess, E.J. / Benner II, J. / Wilson, G.G.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3')
A: BSOBI RESTRICTION ENDONUCLEASE
B: BSOBI RESTRICTION ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,29814
ポリマ－81,4174
非ポリマー88110
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.294, 87.823, 99.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 3965.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA SEQUENCE DESIGNED FOR CRYSTALLIZATION BASED ON THE CENTRAL RECOGNITION SEQUENCE OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
#2: タンパク質 BSOBI RESTRICTION ENDONUCLEASE / E.C.3.1.21.4 / TYPE II RESTRICTION ENZYME / TYPE II SITE SPECIFIC DEOXYRIBONUCLEASE


分子量: 36742.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P70985, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: EQUILIBRATION AGAINST RESERVOIR OF 20% (V/V) DIOXANE, 2% (V/V) ETHYLENE GLYCOL AND 5 MM DTT. DROPS WERE FORMED BY MIXING 2.5 UL PROTEIN-DNA COMPLEX (10 MG/ML PROTEIN; 1.1 FOLD MOLAR EXCESS ...詳細: EQUILIBRATION AGAINST RESERVOIR OF 20% (V/V) DIOXANE, 2% (V/V) ETHYLENE GLYCOL AND 5 MM DTT. DROPS WERE FORMED BY MIXING 2.5 UL PROTEIN-DNA COMPLEX (10 MG/ML PROTEIN; 1.1 FOLD MOLAR EXCESS DNA) IN BUFFER (20 MM TRIS-HCL PH 7.6, 300 MM NACL, 0.1 MM EDTA, 1 MM DTT, 0.02% NA AZIDE) WITH 2.5 UL DISTILLED WATER, 2.5 UL RESERVOIR SOLUTION AND 1.5 UL 350 MM N-HEPTYL-B-D-GLUCOSIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS HCL11
2NACL11
3EDTA11
4N-HEPTYL-B-D-GLUCOSIDE11
5NAN311
6DTT11
7DIOXANE11
8ETHYLENE GLYCOL11
9DTT12
10DIOXANE12
11ETHYLENE GLYCOL12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.3 mg/mlprotein1drop
220 %(v/v)p-dioxane1reservoir
32 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
45 mMdithiothreitol1reservoir
5350 mMn-heptyl-beta-D-glucoside1drop
61
71
81
91
101
111

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 77509 / Num. obs: 77509 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER AND PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3845 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 75657 99.4 %-
all-77509 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.096 Å20 Å2
3---4.462 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.197 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4997 490 60 474 6021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.0991 Å / Weight Biso : 300 / Weight position: 2
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 458 5 %
Rwork0.402 8424 -
obs--96.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.45 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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