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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbq | ||||||
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タイトル | DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN | ||||||
要素 | PURINE REPRESSOR | ||||||
キーワード | DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / PURINE REPRESSOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: Mechanism of corepressor-mediated specific DNA binding by the purine repressor. 著者: Schumacher, M.A. / Choi, K.Y. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dbq.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dbq.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AS FOR FULL LENGTH PURINE REPRESSOR, THE COREPRESSOR BINDING DOMAIN IS DIMERIC AND THE ENTRY CONTAINS TWO MONOMERS IN THE ASU. THE CHAIN IDENTIFIERS ARE A AND B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32490.252 Da / 分子数: 2 / 断片: COREPRESSOR-FREE COREPRESSOR-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACP7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 25876 / % possible obs: 88.5 % / Rmerge(I) obs: 0.036 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |