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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbn | |||||||||
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タイトル | MAACKIA AMURENSIS LEUKOAGGLUTININ (LECTIN) WITH SIALYLLACTOSE | |||||||||
要素 | PROTEIN (LEUKOAGGLUTININ) | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / PLANT LECTIN / CARBOHYDRATE BINDING / SIALYLLACTOSE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Maackia amurensis (イヌエンジュ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Imberty, A. / Gautier, C. / Lescar, J. / Loris, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: An unusual carbohydrate binding site revealed by the structures of two Maackia amurensis lectins complexed with sialic acid-containing oligosaccharides. 著者: Imberty, A. / Gautier, C. / Lescar, J. / Perez, S. / Wyns, L. / Loris, R. #1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 1997 タイトル: Sialic Acid-binding Motif of Maackia Amurensis Lectins 著者: Yamamoto, K. / Konami, Y. / Irimura, T. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974 タイトル: Studies on Hemagglutinins from Maackia Amurensis Seeds 著者: Kawaguchi, T. / Matsumoto, I. / Osawa, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dbn.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dbn.ent.gz | 84 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dbn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dbn_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dbn_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dbn_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dbn_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25987.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEEDS / 由来: (天然) Maackia amurensis (イヌエンジュ) / 参照: PIR: JC5444, UniProt: P93248*PLUS |
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-糖 , 2種, 7分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 34分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 1000, PEG 8000, sialyllactose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.936 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 171599 / Num. obs: 171599 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 99.6 % / Biso Wilson estimate: 41.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 14.49 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. unique all: 16277 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 16436 / Num. measured all: 171599 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 1618 / Num. measured obs: 17687 / Mean I/σ(I) obs: 4.78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.75→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0.001
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.404 / Rfactor Rwork: 0.316 |