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- PDB-1dam: DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP, INORGAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dam
タイトルDETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP, INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM
要素PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE)
キーワードLIGASE / BIOTIN BIOSYNTHESIS / MAGNESIUM / ATP-BINDING / PHOSPHORYL TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-DTB / PHOSPHATE ION / ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kaeck, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of two quaternary complexes of dethiobiotin synthetase, enzyme-MgADP-AlF3-diaminopelargonic acid and enzyme-MgADP-dethiobiotin-phosphate; implications for catalysis.
著者: Kack, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Snapshot of a Phosphorylated Substrate Intermediate by Kinetic Crystallography
著者: Kaeck, H. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of an ATP-Dependent Carboxylase, Dethiobiotin Synthetase, at 1.65 A Resolution
著者: Huang, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Gibson, K.J. / Flint, D. / Lorimer, G.
履歴
登録1998年8月31日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年4月6日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8136
ポリマ－24,0281
非ポリマー7855
水3,585199
1
A: PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,62712
ポリマ－48,0572
非ポリマー1,57010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.700, 48.900, 61.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (DETHIOBIOTIN SYNTHETASE) / E.C.6.3.3.3 LIGASE / DTBS


分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子 (発現宿主): BIOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13000, dethiobiotin synthase

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非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-DTB / 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID / D-DESTHIOBIOTIN / デスチオビオチン


分子量: 214.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMmagnesium acetate1reservoircan be replaced by MgCl2
29-11 %PEG80001reservoir
3100 mMcacodylate1reservoir
430 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 17046 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 86.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 42816 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 86.1 % / Rmerge(I) obs: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 789 4.7 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-18683 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 49 199 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0240.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0230.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0682
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6583
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.1013
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0183
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.085
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1670.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.6 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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