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万見
- PDB-1daa: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1daa
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
要素D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (AMINOTRANSFERASE) / TRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / D-AMINO ACID / D-ALANINE / PYRIDOXAL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-amino acid biosynthetic process / D-alanine-2-oxoglutarate aminotransferase activity / D-amino-acid transaminase / D-amino acid catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...D-amino acid aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / D-alanine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sugio, S. / Peisach, D. / Ringe, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a D-amino acid aminotransferase: how the protein controls stereoselectivity.
著者: Sugio, S. / Petsko, G.A. / Manning, J.M. / Soda, K. / Ringe, D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Kinetic and Stereochemical Comparison of Wild-Type and Active-Site K145Q Mutant Enzyme of Bacterial D-Amino Acid Transaminase
著者: Bhatia, M.B. / Futaki, S. / Ueno, H. / Manning, J.M. / Ringe, D. / Soda, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Stereospecificity of Reactions Catalyzed by D-Amino Acid Amino-Transferase
著者: Martinez Del Pozo, A. / Merola, M. / Ueno, H. / Tanizawa, J.M.Manning K. / Nishimura, K. / Soda, K. / Ringe, D.
履歴
登録1995年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1184
ポリマ－64,6242
非ポリマー4942
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.500, 76.200, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 D-AMINO ACID AMINOTRANSFERASE / D-ALANINE AMINOTRANSFERASE


分子量: 32311.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: YM-1 / 参照: UniProt: P19938, D-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stoddard, B., (1987) J. Mol. Biol., 196, 441.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.050 mMpyridoxal phosphate1reservoir
21 %(v/v)MPD1reservoir
329 %ammonium sulfate1reservoir
46.7 mg/mlprotein1drop
50.050 mMpyridoxal phosphate1drop
61 %(v/v)MPD1drop
729 %ammonium sulfate1drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→99.9 Å / Num. obs: 40269 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 106545 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.94→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs0.184 37611 88 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4464 0 32 232 4728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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