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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1da0 | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGATCG) COMPLEXED WITH DAUNOMYCIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Moore, M.H. / Hunter, W.N. / Langlois D'Estaintot, B. / Kennard, O. | ![]() ![]() タイトル: DNA-drug interactions. The crystal structure of d(CGATCG) complexed with daunomycin. 著者: Moore, M.H. / Hunter, W.N. / d'Estaintot, B.L. / Kennard, O. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 7.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.5 Å / Num. all: 3529 / Num. obs: 2801 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 5 /
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Refine Biso | クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 5 / Num. reflection obs: 1845 / Rfactor obs: 0.25 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |