PDB-1da0: DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGATCG) COMPLEX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1da0

タイトル

DNA-DRUG INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGATCG) COMPLEXED WITH DAUNOMYCIN

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

キーワード

DNA (デオキシリボ核酸) / RIGHT HANDED DNA /

DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG

機能・相同性

ダウノルビシン /

デオキシリボ核酸

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Moore, M.H. / Hunter, W.N. / Langlois D'Estaintot, B. / Kennard, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: DNA-drug interactions. The crystal structure of d(CGATCG) complexed with daunomycin.
著者: Moore, M.H. / Hunter, W.N. / d'Estaintot, B.L. / Kennard, O.

履歴

登録	1992年10月17日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1da0.cif.gz	14.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1da0.ent.gz	7.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1da0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1da0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1da0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1d67-1 234d-1 1vth-1 385d-1 1imr-1 1d11-1 198d-2 235d-1 1vti-1 1r68-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

2.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.980, 27.980, 52.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPAPTPCPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン / ダウノルビシン分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₀ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER水	1	1
2	MPD	1	1
3	MG ACETATE	1	1
4	SPERMINE_HCL	1	1
5	NA CACODYLATE	1	1
6	WATER水	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1.5 mM	d(CGATCG)	1	drop	single stranded
2	1.5 mM	daunomycin hydrochloride	1	drop
3	20 mM	magnesium acetate	1	drop
4	3.5 mM	spermine hydrochloride	1	drop
5	20 mM	sodium cacodylate	1	drop
6	9 %(v/v)	MPD	1	drop
7	50 %(v/v)		1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
検出器	タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.5 Å / Num. all: 3529 / Num. obs: 2801 / Observed criterion σ(F): 2 / R_merge(I) obs: 0.09
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 2 / R_merge(I) obs*: 0.09

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 5 /

	R_factor	反射数
obs	0.25	1845

Refine B_iso

クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	38	0	158

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 5 / Num. reflection obs: 1845 / R_factor obs: 0.25

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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