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万見
- PDB-1d9k: CRYSTAL STRUCTURE OF COMPLEX BETWEEN D10 TCR AND PMHC I-AK/CA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COMPLEX BETWEEN D10 TCR AND PMHC I-AK/CA
要素
  • (T-CELL RECEPTOR D10 ...) x 2
  • CONALBUMIN PEPTIDE
  • MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
  • MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-CELL RECEPTOR / MHC CLASS II / D10 / I-AK
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / antimicrobial humoral response ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / antimicrobial humoral response / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / antibacterial humoral response / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin ...: / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / T-cell receptor alpha chain V region 2B4 / H-2 class II histocompatibility antigen, A-K alpha chain / Ovotransferrin / T-cell receptor beta chain V region C5 / H-2 class II histocompatibility antigen, A-K beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Reinherz, E.L. / Tan, K. / Tang, L. / Kern, P. / Liu, J.-H. / Xiong, Y. / Hussey, R.E. / Smolyar, A. / Hare, B. / Zhang, R. ...Reinherz, E.L. / Tan, K. / Tang, L. / Kern, P. / Liu, J.-H. / Xiong, Y. / Hussey, R.E. / Smolyar, A. / Hare, B. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Chang, H.-C. / Wagner, G. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a T cell receptor in complex with peptide and MHC class II.
著者: Reinherz, E.L. / Tan, K. / Tang, L. / Kern, P. / Liu, J. / Xiong, Y. / Hussey, R.E. / Smolyar, A. / Hare, B. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Chang, H.C. / Wagner, G. / Wang, J.
履歴
登録1999年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
B: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)
C: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
D: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
P: CONALBUMIN PEPTIDE
E: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
F: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)
G: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
H: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
Q: CONALBUMIN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,22716
ポリマ－139,08710
非ポリマー2,1406
水00
1
A: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
B: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5312
ポリマ－24,5312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
D: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
P: CONALBUMIN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0826
ポリマ－45,0123
非ポリマー1,0703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
3
E: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
F: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5312
ポリマ－24,5312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
H: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
Q: CONALBUMIN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0826
ポリマ－45,0123
非ポリマー1,0703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
5
E: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
F: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)
G: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
H: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
Q: CONALBUMIN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6148
ポリマ－69,5445
非ポリマー1,0703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
6
A: T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)
B: T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)
C: MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN)
D: MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN)
P: CONALBUMIN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6148
ポリマ－69,5445
非ポリマー1,0703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.600, 345.300, 97.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
T-CELL RECEPTOR D10 ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 T-CELL RECEPTOR D10 (ALPHA CHAIN)


分子量: 12399.891 Da / 分子数: 2 / 変異: C115S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 5724764, UniProt: P01739*PLUS
#2: タンパク質 T-CELL RECEPTOR D10 (BETA CHAIN)


分子量: 12131.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1791255, UniProt: P04213*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 MHC I-AK A CHAIN (ALPHA CHAIN) / MHC I-AK


分子量: 20971.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01910
#4: タンパク質 MHC I-AK B CHAIN (BETA CHAIN) / MHC I-AK


分子量: 22340.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06343

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PQ

#5: タンパク質・ペプチド CONALBUMIN PEPTIDE


分子量: 1700.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PEE14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P02789*PLUS

-
糖 , 2種, 6分子

#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, sodium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 78 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
123 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
38 %PEG80001reservoir
40.1 MTris1reservoir
50.01 M1reservoirKCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.069
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 501406 / Num. obs: 52056 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 87.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 501406 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / % possible obs: 87.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: I-Ak/CA

解像度: 3.2→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 4727 10 %RANDOM
Rwork0.247 ---
all0.07 46332 --
obs0.07 46332 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9822 0 140 0 9962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.67
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.34 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 527 10 %
Rwork0.38 4624 -
obs--87.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 62.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.67
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Rfactor Rfree: 0.42 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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