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- PDB-1d9c: BOVINE INTERFERON-GAMMA AT 2.0 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9c
タイトルBOVINE INTERFERON-GAMMA AT 2.0 ANGSTROMS
要素INTERFERON-GAMMA
キーワードIMMUNE SYSTEM / helical homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Interferon gamma signaling / Regulation of IFNG signaling / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process ...Interferon gamma signaling / Regulation of IFNG signaling / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / type III interferon-mediated signaling pathway / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of osteoclast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of amyloid-beta formation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of autophagy / astrocyte activation / regulation of insulin secretion / cytokine activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / defense response to virus / adaptive immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interferon gamma / Interferon gamma / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Randal, M. / Kossiakoff, A.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The 2.0 A structure of bovine interferon-gamma; assessment of the structural differences between species.
著者: Randal, M. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録1999年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON-GAMMA
B: INTERFERON-GAMMA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5112
ポリマ－28,5112
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.150, 81.080, 83.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the asymmetric unit contains the biologically relevant homodimer

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要素

#1: タンパク質 INTERFERON-GAMMA


分子量: 14255.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07353
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, sodium chloride, sodium citrate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 39 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 50 %sat / 一般名: sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27 Å / Num. all: 16274 / Num. obs: 71885 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 72.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / % possible all: 86.5
反射
*PLUS
Num. obs: 16274 / Num. measured all: 71855
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
AUTOMARデータ削減
精密化解像度: 2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 349992.23 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NCS restraints were applied to individual helices, BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1612 10 %random
Rwork0.201 ---
all0.21 16093 --
obs0.201 16093 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 63.9842 Å2 / ksol: 0.341298 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 0 130 2123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.513.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.037
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.435.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.4914
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 183 8.9 %
Rwork0.29 1863 -
obs--72.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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