ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHASES | | 位相決定 | X-PLOR | 3.851 | 精密化 | XDS | | データ削減 | AUTOMAR | | データ削減 |
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精密化 | 解像度: 2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 349992.23 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: NCS restraints were applied to individual helices, BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.275 | 1612 | 10 % | random |
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Rwork | 0.201 | - | - | - |
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all | 0.21 | 16093 | - | - |
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obs | 0.201 | 16093 | 96.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 63.9842 Å2 / ksol: 0.341298 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.59 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.88 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.29 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.33 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.28 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1993 | 0 | 0 | 130 | 2123 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.013 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d21.4 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d1.36 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it2.51 | 3.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it4.03 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it6.43 | 5.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it9.49 | 14 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.334 | 183 | 8.9 % |
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Rwork | 0.29 | 1863 | - |
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obs | - | - | 72.5 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg21.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg1.36 | | | | |
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