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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d8g | ||||||||||||||||||
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タイトル | ULTRAHIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF B-DNA DECAMER D(CCAGTACTGG) | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / ALTERNATE CONFORMATION / ULTRAHIGH RESOLUTION / TRP REPRESSOR / POLYAMIDE | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.74 Å | データ登録者 | Kielkopf, C.L. / Ding, S. / Kuhn, P. / Rees, D.C. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 | タイトル: Conformational flexibility of B-DNA at 0.74 A resolution: d(CCAGTACTGG)(2). 著者: Kielkopf, C.L. / Ding, S. / Kuhn, P. / Rees, D.C. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d8g.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d8g.ent.gz | 19.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d8g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d8g_validation.pdf.gz | 378.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d8g_full_validation.pdf.gz | 382.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d8g_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d8g_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: MPD, CALCIUM ACETATE, TRIS(HYDROXYAMINOMETHANE) BUFFER, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 0.74→16 Å / Num. all: 29991 / Num. obs: 29991 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 26.7 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0.74→0.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / % possible all: 71.1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 130259 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 0.74→16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: SADI RESTRAINTS ON BACKBONE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.74→16 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 28208 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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