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万見
- PDB-1d8g: ULTRAHIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF B-DNA DECAMER D(CCAGTACTGG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8g
タイトルULTRAHIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF B-DNA DECAMER D(CCAGTACTGG)
要素5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*)-3'
キーワードDNA / B-DNA / ALTERNATE CONFORMATION / ULTRAHIGH RESOLUTION / TRP REPRESSOR / POLYAMIDE
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.74 Å
データ登録者Kielkopf, C.L. / Ding, S. / Kuhn, P. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Conformational flexibility of B-DNA at 0.74 A resolution: d(CCAGTACTGG)(2).
著者: Kielkopf, C.L. / Ding, S. / Kuhn, P. / Rees, D.C.
履歴
登録1999年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2055
ポリマ－3,0451
非ポリマー1604
水2,144119
1
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,41110
ポリマ－6,0902
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.735, 25.703, 34.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.90, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-253-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*)-3'


分子量: 3045.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: MPD, CALCIUM ACETATE, TRIS(HYDROXYAMINOMETHANE) BUFFER, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CALCIUM ACETATE,11
2TRIS(HYDROXYAMINOMETHANE) BUFFER11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6 mMduplex DNA1drop
250 mMcalcium acetate1drop
314 %1drop
45 mMTris-HCl1drop
528 %MPD1reservoir
6100 mMcalcium acetate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンSSRL BL9-120.98
シンクロトロンSSRL BL9-130.78
検出器
タイプID検出器詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE
MARRESEARCH2IMAGE PLATEDOUBLE FOCUSSING MIRRORS
MARRESEARCH3IMAGE PLATEDOUBLE FOCUSSING MIRRORS
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.981
30.781
反射解像度: 0.74→16 Å / Num. all: 29991 / Num. obs: 29991 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 0.74→0.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / % possible all: 71.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 130259
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 0.74→16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: SADI RESTRAINTS ON BACKBONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.131 1783 5.9 %RANDOM
all0.105 29991 --
obs0.105 29991 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.74→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 4 119 325
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 28208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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