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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d89 | ||||||
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タイトル | A DNA DODECAMER CONTAINING AN ADENINE TRACT CRYSTALLIZES IN A UNIQUE LATTICE AND EXHIBITS A NEW BEND | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | DiGabriele, A.D. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: A DNA dodecamer containing an adenine tract crystallizes in a unique lattice and exhibits a new bend. 著者: DiGabriele, A.D. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989 タイトル: Crystal Lattice Packing Is Important in Determining the Bend of a DNA Dodecamer Containing an Adenine Tract 著者: DiGabriele, A.D. / Sanderson, M.R. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d89.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d89.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d89 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3689.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 3635.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
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検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 5545 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Num. measured all: 24066 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 4595 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d |