+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d7o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BRASSICA NAPUS ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE COMPLEXED WITH NAD AND TRICLOSAN | ||||||
要素 | ENOYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE (NADH) PRECURSOR | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TRICLOSAN / ENOYL REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brassica napus (セイヨウアブラナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Roujeinikova, A. / Levy, C. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. ...Roujeinikova, A. / Levy, C. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, R.A. / Viner, R. / Rice, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic analysis of triclosan bound to enoyl reductase. 著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, ...著者: Roujeinikova, A. / Levy, C.W. / Rowsell, S. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Minshull, C.A. / Mistry, A. / Colls, J.G. / Camble, R. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rafferty, J.B. / Pauptit, R.A. / Viner, R. / Rice, D.W. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Common themes in redox chemistry emerge from the X-ray structure of oil seed rape (Brassica napus) enoyl acyl carrier protein reductase 著者: Rafferty, J.B. / Simon, J.W. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Fawsett, T. / Rice, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d7o.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1d7o.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d7o_validation.pdf.gz | 984 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1d7o_full_validation.pdf.gz | 990.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d7o_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d7o_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d7o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31394.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P80030, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-TCL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 23195 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 98 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Num. unique obs: 1547 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→10 Å /
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|