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- PDB-1d6a: STRUCTURE OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEXED WITH GUANINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6a
タイトルSTRUCTURE OF POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEXED WITH GUANINE
要素POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
キーワードHYDROLASE / POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN / RIBOSOME INACTIVATING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / defense response to virus / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Shiga-like toxin, subunit A / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / Antiviral protein I
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kurinov, I.V. / Rajamohan, F. / Venkatachalam, T.K. / Uckun, F.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: X-ray crystallographic analysis of the structural basis for the interaction of pokeweed antiviral protein with guanine residues of ribosomal RNA.
著者: Kurinov, I.V. / Rajamohan, F. / Venkatachalam, T.K. / Uckun, F.M.
履歴
登録1999年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
B: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9854
ポリマ－58,6832
非ポリマー3022
水9,944552
1
A: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4932
ポリマ－29,3411
非ポリマー1511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4932
ポリマ－29,3411
非ポリマー1511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.294, 49.411, 64.288
Angle α, β, γ (deg.)68.664, 81.036, 63.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 POKEWEED ANTIVIRAL PROTEIN / rRNA N-GLYCOSIDASE


分子量: 29341.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
参照: UniProt: P10297, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16-18% PEG 4000, 0.1M CACL2, 5MM GUANINE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
222 %PEG40001reservoir
30.1 M1reservoirCaCl2
450 mMTris-HCl1reservoir
55 mMguanine1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月29日 / 詳細: YALE DOUBLE MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 29780 / Num. obs: 26047 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.71 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.61 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / % possible all: 80.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: 1QCI

1qci


解像度: 2.1→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 1 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 -5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.192 ---
obs0.192 24855 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5100 0 28 552 5680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: MONOMERS A AND B ARE CONNECTED BY NCS. AT THE END OF CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT THE POSITIONAL RESTRAINTS BETWEEN TWO MONOMERS WERE 60 KCAL/MOL/A2 AND 30 KCAL/MOL/A2 FOR SIDE ...NCS model details: MONOMERS A AND B ARE CONNECTED BY NCS. AT THE END OF CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT THE POSITIONAL RESTRAINTS BETWEEN TWO MONOMERS WERE 60 KCAL/MOL/A2 AND 30 KCAL/MOL/A2 FOR SIDE CHAINS (B-FACTOR RESTRAINTS - 10 AND 4 A2 RESPECTIVELY)
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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