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- PDB-1d53: CRYSTAL STRUCTURE AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF D(CGCICICG), AN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d53
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF D(CGCICICG), AN OCTANUCLEOTIDE CONTAINING INOSINE, AND ITS COMPARISON WITH D(CGCG) AND D(CGCGCG) STRUCTURES
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kumar, V.D. / Harrison, R.W. / Andrews, L.C. / Weber, I.T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystal structure at 1.5-A resolution of d(CGCICICG), an octanucleotide containing inosine, and its comparison with d(CGCG) and d(CGCGCG) structures.
著者: Kumar, V.D. / Harrison, R.W. / Andrews, L.C. / Weber, I.T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Molecular Structure of the Left-Handed Z-DNA Double Helix at 1.0 Angstrom Atomic Resolution. Geometry, Conformation, and Ionic Interaction of d(CGCGCG)
著者: Gessner, R.V. / Frederick, C.A. / Quigley, G.J. / Rich, A. / Wang, A.H.-J.
#2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1985
タイトル: The Octamers d(CGCGCGCG) and d(CGCATGCG) Both Crystallize as Z-DNA in the Same Hexagonal Lattice
著者: Fujii, S. / Wang, A.H.-J. / Quigley, G.J. / Westerink, H. / Van Der Marel, G. / Van Boom, J.H. / Rich, A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: The Tetramer d(CpGpCpG) Crystallizes as a Left-Handed Double Helix
著者: Crawford, J.L. / Kolpak, F.J. / Wang, A.H.-J. / Quigley, G.J. / Van Boom, J.H. / Van Der Marel, G. / Rich, A.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: High-Salt d(CpGpCpG), a Left-Handed Z'DNA Double Helix
著者: Drew, H. / Takano, T. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.
履歴
登録1992年11月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5304
ポリマ－3,5304
非ポリマー00
水1,24369
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5878
ポリマ－4,5878
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/61
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7674
ポリマ－4,7674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-y+1,x-y,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)31.000, 31.000, 43.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*IP*CP*IP*CP*G)-3')


分子量: 573.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.36 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3SPERMINE11
4MG ACETATE11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 mMDNA oligonucleotide1drop
21 mMspermine1drop
314 mMmagnesium acetate1drop
420 %MPD1drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→10 Å / Num. all: 9882 / Num. obs: 1971
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 2134 / Num. measured all: 9882 / Rmerge(I) obs: 0.081

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
NUCLSQ精密化
精密化解像度: 1.5→5 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.225 -
obs0.225 2503
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 234 0 69 303
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.0420.03
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.1140.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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