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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d53 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION OF D(CGCICICG), AN OCTANUCLEOTIDE CONTAINING INOSINE, AND ITS COMPARISON WITH D(CGCG) AND D(CGCGCG) STRUCTURES | ||||||
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![]() | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kumar, V.D. / Harrison, R.W. / Andrews, L.C. / Weber, I.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure at 1.5-A resolution of d(CGCICICG), an octanucleotide containing inosine, and its comparison with d(CGCG) and d(CGCGCG) structures. 著者: Kumar, V.D. / Harrison, R.W. / Andrews, L.C. / Weber, I.T. #1: ![]() タイトル: The Molecular Structure of the Left-Handed Z-DNA Double Helix at 1.0 Angstrom Atomic Resolution. Geometry, Conformation, and Ionic Interaction of d(CGCGCG) 著者: Gessner, R.V. / Frederick, C.A. / Quigley, G.J. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. #2: ![]() タイトル: The Octamers d(CGCGCGCG) and d(CGCATGCG) Both Crystallize as Z-DNA in the Same Hexagonal Lattice 著者: Fujii, S. / Wang, A.H.-J. / Quigley, G.J. / Westerink, H. / Van Der Marel, G. / Van Boom, J.H. / Rich, A. #3: ![]() タイトル: The Tetramer d(CpGpCpG) Crystallizes as a Left-Handed Double Helix 著者: Crawford, J.L. / Kolpak, F.J. / Wang, A.H.-J. / Quigley, G.J. / Van Boom, J.H. / Van Der Marel, G. / Rich, A. #4: ![]() タイトル: High-Salt d(CpGpCpG), a Left-Handed Z'DNA Double Helix 著者: Drew, H. / Takano, T. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 320.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 345.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 573.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.36 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→10 Å / Num. all: 9882 / Num. obs: 1971 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 2134 / Num. measured all: 9882 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→5 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→5 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 3 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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