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万見
- PDB-1d3u: TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d3u
タイトルTATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI
要素
  • DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX
  • DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX
  • TATA-BINDING PROTEIN
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION / HYPERTHERMOPHILE / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


general transcription initiation factor activity / transcription preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIIB, archaea / TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like ...Transcription initiation factor TFIIB, archaea / TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Cyclin A; domain 1 / TBP domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIB / TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus woesei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Littlefield, O. / Korkhin, Y. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: The structural basis for the oriented assembly of a TBP/TFB/promoter complex.
著者: Littlefield, O. / Korkhin, Y. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: The orientation of the transcription preinitiation complex in Archaea
著者: Bell, S.D. / Kosa, P.L. / Sigler, P.B. / Jackson, S.P.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The 2.1-angstrom crystal structure of an archaeal preinitiation complex: TATA- box-binding protein/transcription factor (II)B core/TATA-box
著者: Kosa, P.F. / Ghosh, G. / DeDecker, B.S. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Sequence-specific DNA binding by the S. shibatae TFIIB homolog, TFB, and its effect on promoter strength
著者: Qureshi, S.A. / Jackson, S.P.
#4: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1998
タイトル: New core promoter element in RNA polymerase II-dependent transcription: sequence-specific DNA binding by transcription factor IIB
著者: Lagrange, T. / Kapanidis, A.N. / Tang, H. / Reinberg, D. / Ebright, R.H.
履歴
登録1999年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX
D: DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX
A: TATA-BINDING PROTEIN
B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3074
ポリマ－57,3074
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.200, 174.200, 174.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Cell settingcubic
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-272-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX


分子量: 7414.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX


分子量: 7003.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 TATA-BINDING PROTEIN / TATA-BOX FACTOR / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP


分子量: 20166.549 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus woesei (古細菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62001
#4: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB / TFIIB


分子量: 22721.576 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL CORE, RESIDUES 62-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus woesei (古細菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61999
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, STRONTIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SRCL211
2SODIUM CITRATE11
3TRIS11
4PEG 40011
5PEG 40012
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.4 mMTBP1drop
20.4 mMTFB1drop
30.6 mMDNA1drop
4200 mMpotassium acetate1drop
550 mMHEPES1drop
630 %(w/v)PEG4001reservoir
725 mMSrCl21reservoir
8200 mMsodium citrate1reservoir
950 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28.3 Å / Num. obs: 33982 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 3323 10 %
Rwork0.206 --
all0.212 33798 -
obs0.212 33798 98.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 957 0 180 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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