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- PDB-1d3b: CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d3b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION
要素
  • PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
  • PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SNRNP / SPLICING / SM / CORE SNRNP DOMAIN / SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS / SLE
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome ...U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / snRNP binding / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / : / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. ...Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / : / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kambach, C. / Walke, S. / Avis, J.M. / De La Fortelle, E. / Li, J. / Nagai, K.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of two Sm protein complexes and their implications for the assembly of the spliceosomal snRNPs.
著者: Kambach, C. / Walke, S. / Young, R. / Avis, J.M. / de la Fortelle, E. / Raker, V.A. / Luhrmann, R. / Li, J. / Nagai, K.
#1: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and Assembly of the Spliceosomal Small Nuclear Ribonucleoprotein Particles
著者: Kambach, C. / Walke, S. / Nagai, K.
履歴
登録1998年12月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
B: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
C: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
D: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
E: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
F: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
G: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
H: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
I: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
J: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
K: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
L: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,64529
ポリマ－113,77912
非ポリマー1,86617
水9,980554
1
A: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
B: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5247
ポリマ－18,9632
非ポリマー5615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
D: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1474
ポリマ－18,9632
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
F: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3326
ポリマ－18,9632
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
H: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3395
ポリマ－18,9632
非ポリマー3763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
J: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2474
ポリマ－18,9632
非ポリマー2842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
L: PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0553
ポリマ－18,9632
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.350, 108.450, 110.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.222, -0.074, -0.972), (-0.969, -0.128, -0.212), (-0.108, 0.989, -0.1)100.60454, 119.10007, 19.55497
2given(0.236, -0.964, -0.123), (-0.078, -0.144, 0.986), (-0.969, -0.223, -0.109)95.25601, 4.42283, 125.72305
3given(0.074, 0.218, -0.973), (0.997, 0.076), (0.017, -0.976, -0.218)97.65822, -5.00382, 65.3895
4given(-0.078, -0.997, -0.013), (0.223, -0.005, -0.975), (0.972, -0.079, 0.223)111.13881, 96.15759, -54.73518
5given(0.955, 0.102, 0.279), (0.14, -0.982, -0.123), (0.262, 0.157, -0.952)-14.4157, 100.43752, 38.40382
6given(0.199, -0.085, -0.976), (-0.975, -0.119, -0.188), (-0.1, 0.989, -0.107)102.94312, 117.47772, 19.64391
7given(0.241, -0.961, -0.135), (-0.051, -0.151, 0.987), (-0.969, -0.231, -0.086)95.61127, 3.08204, 124.66409
8given(0.047, 0.223, -0.974), (0.999, 0.003, 0.049), (0.013, -0.975, -0.222)99.09593, -3.60911, 65.84605
9given(-0.078, -0.997, -0.003), (0.195, -0.012, -0.981), (0.978, -0.077, 0.196)110.53213, 98.6289, -53.48652
10given(0.959, 0.102, 0.264), (0.137, -0.984, -0.118), (0.247, 0.149, -0.957)-13.91041, 100.38264, 40.09717
詳細THE BIOLOGICALLY ACTIVE UNIT IS ONE D3B HETERODIMER, REPRESENTED BY THE PAIRS OF CHAINS A+B, C+D ETC. THE HETERODIMERS ARRANGE IN TWO HEXAMERIC RINGS WITH ALTERNATING D3 AND B SUBUNITS. THE TWO RINGS CONTACT EACH OTHER VIA A PARALLEL BETA-STRAND - BETA-STRAND INTERACTION.

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) / D3 CORE SNRNP PROTEIN


分子量: 8491.800 Da / 分子数: 6 / 断片: SM MOTIF / 変異: S66C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: N-TERMINAL HIS6 TAG CLEAVED OFF,TRUNCATED AT POSITION 75
細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PQE30 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P62318
#2: タンパク質
PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) / B CORE SNRNP PROTEIN


分子量: 10471.370 Da / 分子数: 6 / 断片: SM MOTIF / 由来タイプ: 天然
詳細: POLYCISTRONIC COEXPRESSION VECTOR WITH SM D3. TRUNCATED AT POSITION 91.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / 参照: UniProt: P14678
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 MNa/K phosphate1reservoir
215 %glycerol1reservoir
310 mMspermidine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.2 Å / Num. obs: 89816 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SIDECHAINS IN REGIONS OF POORLY DEFINED DENSITY (PARTICULARLY IN LOOPS) WERE MODELLED. OCCUPANCIES HAVE BEEN BEEN ARBITRARILY SET TO 0.10.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 4075 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs-86568 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.99 Å20 Å20 Å2
2--5.15 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7555 0 123 554 8232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.8443
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.8975
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.3534
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.0916
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1930.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd00.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1490.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor27.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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