+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d35 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FACILE FORMATION OF A CROSSLINKED ADDUCT BETWEEN DNA AND THE DAUNORUBICIN DERIVATIVE MAR70 MEDIATED BY FORMALDEHYDE: MOLECULAR STRUCTURE OF THE MAR70-D(CGTNACG) COVALENT ADDUC | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | 4'-EPI-4'-(2-DEOXYFUCOSE)DAUNOMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Gao, Y.-G. / Liaw, Y.-C. / Li, Y.-K. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Facile formation of a crosslinked adduct between DNA and the daunorubicin derivative MAR70 mediated by formaldehyde: molecular structure of the MAR70-d(CGTnACG) covalent adduct. 著者: Gao, Y.G. / Liaw, Y.C. / Li, Y.K. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. #1: ![]() タイトル: Influence of Aglycone Modifications on the Binding of Anthracycline Drugs to DNA: The Molecular Structure of Idarubicin and 4-O-Demethyl-11-Deoxydoxorubicin Complexed to d(CGATCG) 著者: Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1838.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MAR / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 2599 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 最高解像度: 1.3 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å
| ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|