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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d2u | ||||||
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タイトル | 1.15 A CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 FROM RHODNIUS PROLIXUS | ||||||
![]() | NITROPHORIN 4 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / NITRIC OXIDE TRANSPORT / FERRIC HEME / ANTIHISTAMINE / VASODILATOR / LIPOCALIN / BILAN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ligand-induced heme ruffling and bent no geometry in ultra-high-resolution structures of nitrophorin 4. 著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NH3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | Ammonia (NH3) occupies the Fe sixth coordination position The heme is disordered by a rotation of ...Ammonia (NH3) occupies the Fe sixth coordination position The heme is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-Fe-CHC axis. The only evidence of this disorder is the appearence of methyl groups CMB and CMC as vinyls. These extra atoms are called CBBB and CBCB. THE LOOP CONTAINING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.44 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0 M AMMONIUM PHOSPHATE 10 MM TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 詳細: Weichsel, A., (2000) Nat. Struct. Biol., 7, 551. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8727 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→52 Å / Num. all: 49629 / Num. obs: 49629 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 74 |
反射 | *PLUS % possible obs: 90 % / Num. measured all: 118648 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.15→52 Å / Num. parameters: 15661 / Num. restraintsaints: 18721 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: SHELXL97 REFINEMENT. FE-HEME AND FE-LIGAND DISTANCES AND ANGLES WERE UNRESTRAINED.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→52 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 52 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.13 / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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