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- PDB-1d2q: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d2q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL
要素TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
キーワードCYTOKINE / TRAIL
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis ...TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cytokine activity / response to insulin / male gonad development / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls ...Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cha, S.-S.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 1999
タイトル: 2.8 A resolution crystal structure of human TRAIL, a cytokine with selective antitumor activity.
著者: Cha, S.S. / Kim, M.S. / Choi, Y.H. / Sung, B.J. / Shin, N.K. / Shin, H.C. / Sung, Y.C. / Oh, B.H.
履歴
登録1999年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0422
ポリマ－39,0422
非ポリマー00
水00
1
A: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5211
ポリマ－19,5211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND

B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND

B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5633
ポリマ－58,5633
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
3
A: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND

A: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND

A: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5633
ポリマ－58,5633
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.61, 65.61, 131.70
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.00164, 0.0009), (-0.00162, 0.99988, 0.01547), (-0.00092, 0.01547, -0.99988)
ベクター: 32.84122, 18.895, -32.54992)

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要素

#1: タンパク質 TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND / TRAIL


分子量: 19520.852 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRA CELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET 3A / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P50591
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9
詳細: PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %mPEG55011
20.05 Mbicine11
310 mM11CdCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極MACSCIENCE11.5418
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B21.5418
検出器
タイプID検出器
MACSCIENCE1IMAGE PLATE
FUJI2IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.8 Å / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å
反射
*PLUS
% possible obs: 89.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化最高解像度: 2.8 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
RfactorSelection details
Rfree0.282 RANDOM
Rwork0.209 -
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 0 0 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.662
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.4 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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