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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d22 | ||||||||||||||||||
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タイトル | BINDING OF THE ANTITUMOR DRUG NOGALAMYCIN AND ITS DERIVATIVES TO DNA: STRUCTURAL COMPARISON | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | U-58872, HYDROXY DERIVATIVE OF NOGALAMYCIN / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Gao, Y.-G. / Liaw, Y.-C. / Robinson, H. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Binding of the antitumor drug nogalamycin and its derivatives to DNA: structural comparison. 著者: Gao, Y.G. / Liaw, Y.C. / Robinson, H. / Wang, A.H. #1: ![]() タイトル: NMR Studies on the Binding of Antitumor Drug Nogalamycin to DNA Hexamer d(CGTACG) 著者: Robinson, H. / Liaw, Y.-C. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. #2: ![]() タイトル: Antitumor Drug Nogalamycin Binds DNA in Both Grooves Simultaneously: Molecular Structure of Nogalamycin-DNA Complex 著者: Liaw, Y.-C. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1853.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 4210 / Num. obs: 2143 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.196 / Num. reflection obs: 2143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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