PDB-1d14: STRUCTURE OF 11-DEOXYDAUNOMYCIN BOUND TO DNA CONTAINING A PHOSPHO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d14

タイトル

STRUCTURE OF 11-DEOXYDAUNOMYCIN BOUND TO DNA CONTAINING A PHOSPHOROTHIOATE

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(AS)P*CP*G)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED

機能・相同性

6-DEOXYDAUNOMYCIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Williams, L.D. / Egli, M. / Ughetto, G. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Quigley, G.J. / Wang, A.H.-J. / Rich, A. / Frederick, C.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Structure of 11-deoxydaunomycin bound to DNA containing a phosphorothioate.
著者: Williams, L.D. / Egli, M. / Ughetto, G. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Quigley, G.J. / Wang, A.H. / Rich, A. / Frederick, C.A.

履歴

登録	1989年10月20日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1990年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2024年2月7日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d14.cif.gz	15.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d14.ent.gz	8.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2des-d 215d-1 151d-1 1d38-1 482d-1 236d-1 276d-1 2d34-1 258d-2 1qda-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(AS)P*CP*G)-3')

ヘテロ分子

2.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(AS)P*CP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(AS)P*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.730, 19.130, 26.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.01, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-44- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTP(AS)PCPG)-3') 分子量: 1825.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM3 / 6-DEOXYDAUNOMYCIN / 11-デオキシダウノルビシン分子量: 511.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₉
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	SPERMINE	1	1
5	MGCL2	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1.5 mM	DNA	1	drop	single strand
2	20 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	6.0 mM		1	drop		MgCl2
4	1.5 mM	spermine	1	drop
5	20 %	MPD	1	drop
6	30 %	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 283 K
検出器	タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 2129 / Observed criterion σ(F): 2

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.5 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.224	2129

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	119	38	37	194

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Num. reflection obs: 2129 / σ(F): 2 / R_factor obs: 0.224

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.038

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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