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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d12 | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL COMPARISON OF ANTICANCER DRUG-DNA COMPLEXES. ADRIAMYCIN AND DAUNOMYCIN | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DOXORUBICIN / SPERMINE / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 | タイトル: Structural comparison of anticancer drug-DNA complexes: adriamycin and daunomycin. 著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d12.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d12.ent.gz | 9.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d12_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d12_full_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d12_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d12_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d12 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SPM / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS Crystal-ID: 1
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 1706 / Rfactor obs: 0.177 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.028 |