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万見
- PDB-1d0q: STRUCTURE OF THE ZINC-BINDING DOMAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0q
タイトルSTRUCTURE OF THE ZINC-BINDING DOMAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA PRIMASE
要素DNA PRIMASE
キーワードTRANSFERASE / DNA PRIMASE / ZINC-BINDING MOTIF / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Primase; Chain A / Zinc finger, CHC2-type domain / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger ...DNA Primase; Chain A / Zinc finger, CHC2-type domain / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Pan, H. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure of the zinc-binding domain of Bacillus stearothermophilus DNA primase.
著者: Pan, H. / Wigley, D.B.
履歴
登録1999年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA PRIMASE
B: DNA PRIMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8874
ポリマ－22,7562
非ポリマー1312
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.170, 58.745, 45.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA PRIMASE


分子量: 11378.001 Da / 分子数: 2 / 断片: ZINC-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET21D
発現宿主: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9X4D0, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: LITHIUM SULFATE, SODIUM CITRATE, ZINC ACETATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 35 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
32 mMEDTA1drop
460 %sat1reservoirLi2SO4
51 mMzinc acetate1reservoir
6100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンSRS PX9.510.88
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年8月8日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年2月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.881
21.54181
反射解像度: 1.71→15 Å / Num. all: 22075 / Num. obs: 22075 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.78 % / Biso Wilson estimate: 10.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.71→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.225 1103 RANDOM
Rwork0.204 --
all-22075 -
obs-22075 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1582 0 2 162 1746
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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