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- PDB-1d0n: THE CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-FREE EQUINE PLASMA GELSOLIN. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0n
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-FREE EQUINE PLASMA GELSOLIN.
要素HORSE PLASMA GELSOLIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / MIXED ALPHA-BETA STRUCTURE / ACTIN-BINDING PROTEIN / PROTEIN DOMAIN PACKING
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / actin polymerization or depolymerization / cilium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / central nervous system development / actin filament binding / actin cytoskeleton / extracellular space ...actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / actin polymerization or depolymerization / cilium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / central nervous system development / actin filament binding / actin cytoskeleton / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Burtnick, L.D. / Robinson, R. / Li, C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of plasma gelsolin: implications for actin severing, capping, and nucleation.
著者: Burtnick, L.D. / Koepf, E.K. / Grimes, J. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / McLaughlin, P.J. / Robinson, R.C.
履歴
登録1999年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HORSE PLASMA GELSOLIN
B: HORSE PLASMA GELSOLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3832
ポリマ－161,3832
非ポリマー00
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: HORSE PLASMA GELSOLIN
B: HORSE PLASMA GELSOLIN

A: HORSE PLASMA GELSOLIN
B: HORSE PLASMA GELSOLIN

A: HORSE PLASMA GELSOLIN
B: HORSE PLASMA GELSOLIN

A: HORSE PLASMA GELSOLIN
B: HORSE PLASMA GELSOLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,5328
ポリマ－645,5328
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area22990 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area237440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.400, 169.400, 154.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 HORSE PLASMA GELSOLIN


分子量: 80691.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: Q28372
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
134 %satammonium sulfate1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
310 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 71395 / Num. obs: 65683 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.44 % / Biso Wilson estimate: 22.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.12 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Num. unique all: 6242 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
X-PLOR& CNS精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 3617 -RANDOM
Rwork0.2049 ---
all0.2116 71395 --
obs0.2116 65683 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11382 0 0 284 11666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.339
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR & CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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