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- PDB-1cy6: COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cy6
タイトルCOMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE
要素DNA TOPOISOMERASE I
キーワードISOMERASE / DNA TOPOISOMERASE / RELAXING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 ...DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Feinberg, H. / Changela, A. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein-nucleotide interactions in E. coli DNA topoisomerase I.
著者: Feinberg, H. / Changela, A. / Mondragon, A.
履歴
登録1999年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TOPOISOMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1505
ポリマ－67,5431
非ポリマー6074
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.630, 80.720, 143.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE I


分子量: 67542.500 Da / 分子数: 1
断片: 67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 ALPHA / 参照: UniProt: P06612, EC: 5.99.1.2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-T3P / THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / ALPHA-ANOMERIC THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / チミジン3′-りん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: and 14 degrees centigrade
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5-6 mg/mlprotein1drop
21.45-20 mMnucleotide1drop
32.2-2.3 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→999 Å / Num. all: 256045 / Num. obs: 26758 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 80.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 256045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
REFMAC精密化
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1437987.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: R. A. ENGH AND R. HUBER, ACTA CRYST. SECT. A., 1991
詳細: REFINEMENT DONE WITH REFMAC. THE SOLVENT CORRECTION WAS CALCULATED WITH XPLOR AND APPLIED IN REFMAC. FINAL PARAMETERS OBTAINED WITH CNS 0.9
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1065 4.6 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.244 23321 --
obs0.244 23321 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.9 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2--6.75 Å20 Å2
3----5.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.38 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4482 0 36 109 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.342
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 147 4.1 %
Rwork0.358 3400 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION23TP.PAR3TP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR,REFMAC,CNS 0.9' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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