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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cwr | ||||||
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タイトル | HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN WITHOUT ION IN CATALYTIC SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 2 (CDC25B)) | ||||||
![]() | HYDROLASE / CELL CYCLE PHOSPHATASE / DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE / CDC25 / CDC25B | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / female meiosis I / oocyte maturation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of cytokinesis / phosphoprotein phosphatase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic cell cycle ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / female meiosis I / oocyte maturation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of cytokinesis / phosphoprotein phosphatase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / cell division / protein phosphorylation / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Watenpaugh, K.D. / Reynolds, R.A. / Chidester, C.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of Cdc25B required for G2/M phase transition of the cell cycle. 著者: Reynolds, R.A. / Yem, A.W. / Wolfe, C.L. / Deibel Jr., M.R. / Chidester, C.G. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 389.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 391.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24907.461 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 詳細: 4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ ML IN 50 MM TRISHCL, 1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4.0 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年4月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 15943 / % possible obs: 80.44 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 30 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 15237 / % possible obs: 90.1 % / Num. measured all: 26953 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 70.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rmerge(I) obs: 0.23 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: RESIDUES CYS A 426, CYS A 474; AND ARG A 479 EACH HAVE TWO ALTERNATIVE CONFORMATIONS MODELED. CYS 426 AND CYS 473 FORM A DISULFIDE APROXIMATELY 50 PERCENT OF THE TIME.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 4 / Num. reflection Rfree: 594 / Rfactor all: 0.202 / Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rfree: 0.224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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