ソフトウェア 名称 分類 AMoRE位相決定 CNS精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 開始モデル : TRUNCATED VSR MODEL, 1VSR解像度 : 2.3→22 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 / 立体化学のターゲット値 : ENGH & HUBERRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.23 753 5 % RANDOM Rwork 0.204 - - - obs 0.204 14332 94.3 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 50.36 Å2 / ksol : 0.322 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 31.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.87 Å2 5.97 Å2 0 Å2 2- - 2.87 Å2 0 Å2 3- - - -5.74 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.3 Å 0.26 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.23 Å 0.23 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.3→22 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1260 488 3 206 1957
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.011 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.1 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d24.3 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.86 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.18 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.85 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.82 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.64 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error : 0.026 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.28 116 4.6 % Rwork 0.243 2384 - obs - - 98.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN-ALLHDG.PARAM PROTEIN-ALLHDG.TOP X-RAY DIFFRACTION 2 DNA-RNA-ALLATOM.PARAM DNA-RNA-ALLATOM.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : 'CNS' / 分類 : refinement拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg24.3 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.86