[日本語] English
万見
- PDB-1cv8: STAPHOPAIN, CYSTEINE PROTEINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS V8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cv8
タイトルSTAPHOPAIN, CYSTEINE PROTEINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS V8
要素STAPHOPAIN
キーワードCYSTEINE PROTEASE / THIOL PROTEASE / PAPAIN FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


staphopain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Staphopain proregion superfamily / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Cystatin superfamily / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A ...Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Staphopain proregion superfamily / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Cystatin superfamily / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-E64 / Staphopain A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hofmann, B. / Schomburg, D. / Hecht, H.-J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of a Thiol Proteinase from Staphylococcus Aureus V-8 in the E-64 Inhibitor Complex
著者: Hofmann, B. / Schomburg, D. / Hecht, H.J.
履歴
登録1998年5月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STAPHOPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2903
ポリマ－19,8701
非ポリマー4192
水2,216123
1
A: STAPHOPAIN
ヘテロ分子

A: STAPHOPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5796
ポリマ－39,7402
非ポリマー8394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)61.139, 61.139, 195.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 STAPHOPAIN / THIOL PROTEINASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS V-8


分子量: 19870.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 株: V-8
参照: UniProt: P81297, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 6
詳細: 5 M AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 5MM E-64, 50 MM MES/TRIS BUFFER PH 6.0 5MM E-64

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→46.6 Å / Num. obs: 19765 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.72→1.8 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 63

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.75→50 Å / 交差検証法: AT LAST STEPS OF REFINEMENT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 981 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.183 18172 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1387 0 29 121 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.93
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.180.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor34.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor00

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る