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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cu4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ANTI-PRION FAB 3F4 IN COMPLEX WITH ITS PEPTIDE EPITOPE | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kanyo, Z.F. / Pan, K.M. / Williamson, R.A. / Burton, D.R. / Prusiner, S.B. / Fletterick, R.J. / Cohen, F.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Antibody binding defines a structure for an epitope that participates in the PrPC-->PrPSc conformational change. 著者: Kanyo, Z.F. / Pan, K.M. / Williamson, R.A. / Burton, D.R. / Prusiner, S.B. / Fletterick, R.J. / Cohen, F.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cu4.cif.gz | 85.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cu4.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cu4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cu4_validation.pdf.gz | 375.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cu4_full_validation.pdf.gz | 386.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cu4_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cu4_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/1cu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/1cu4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24080.775 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB ANTIBODY 3F4, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23342.943 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB ANTIBODY 3F4, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1131.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence cooresponding to aa104-113 of Syrian hamster prion protein |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 8689 / Num. obs: 8689 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / % possible all: 90.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.4 % / Num. unique obs: 1011 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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