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- PDB-1cts: CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF TWO DIFFERENT FO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cts
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF TWO DIFFERENT FORMS OF CITRATE SYNTHASE AT 2.7 AND 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CITRATE SYNTHASE
キーワードOXO-ACID-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / citrate (Si)-synthase / Citric acid cycle (TCA cycle) / citrate synthase activity / : / citrate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Citrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic refinement and atomic models of two different forms of citrate synthase at 2.7 and 1.7 A resolution.
著者: Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure Analysis of the Tetragonal Crystal Form and Preliminary Molecular Model of Pig-Heart Citrate Synthase
著者: Wiegand, G. / Kukla, D. / Scholze, H. / Jones, T.A. / Huber, R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Primary Structure of Porcine Heart Citrate Synthase
著者: Bloxham, D.P. / Parmelee, D.C. / Kumar, S. / Wade, R.D. / Ericsson, L.H. / Neurath, H. / Walsh, K.A. / Titani, K.
履歴
登録1984年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01984年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1692
ポリマ－48,9771
非ポリマー1921
水00
1
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3384
ポリマ－97,9542
非ポリマー3842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area9270 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.400, 77.400, 196.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT THE ATOM COULD NOT BE FOUND IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND IS INCLUDED AS A DUMMY ATOM.

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要素

#1: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 48977.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00889, EC: 4.1.3.7
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS FOR THE PRESENT TETRAGONAL FORM WERE ASSIGNED ON THE BASIS OF ...SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS FOR THE PRESENT TETRAGONAL FORM WERE ASSIGNED ON THE BASIS OF THE HIGH RESOLUTION (1.7 ANGSTROMS) MONOCLINIC STRUCTURE. THERE IS VERY LITTLE EVIDENCE FOR SECONDARY STRUCTURAL CHANGE AS A RESULT OF THE OPEN (TETRAGONAL) - CLOSED (MONOCLINIC) TERTIARY STRUCTURAL CHANGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
21.35 Msodium/potassium phosphate1drop
32 mMATP1drop
41.55 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→5 Å / Rfactor Rwork: 0.183
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3444 0 13 0 3457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 5 Å / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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