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- PDB-1ctj: CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ctj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C6
要素CYTOCHROME C6
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Monoraphidium braunii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Ab initio determination of the crystal structure of cytochrome c6 and comparison with plastocyanin.
著者: Frazao, C. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A. / Pohl, E. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Hervas, M. / Navarro, J.A. / De la Rosa, M.A. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録1995年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9762
ポリマ－9,3591
非ポリマー6161
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.430, 40.430, 40.430
Angle α, β, γ (deg.)80.25, 80.25, 80.25
Int Tables number146
Space group name H-MR3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C6


分子量: 9359.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Monoraphidium braunii (植物) / 参照: UniProt: Q09099
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Msodium citrate1drop
20.025 Mglycine1drop
31.8 mMcytochrome1drop
40.375 mMtricine1drop
50.8 Msodium citrate1reservoir
60.1 Mglycine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X11 / 波長: 0.80, 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1993年5月1日
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
20.871
反射解像度: 1.1→25 Å / Num. obs: 32653 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.1→25 Å / Num. parameters: 8268 / Num. restraintsaints: 10326 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.077. CHEMICALLY EQUIVALENT BONDS AND ANGLE DISTANCES IN HEME RESTRAINED TO BE EQUAL WITHOUT TARGET VALUES. NO GEOMETRIC OR ADP ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.077. CHEMICALLY EQUIVALENT BONDS AND ANGLE DISTANCES IN HEME RESTRAINED TO BE EQUAL WITHOUT TARGET VALUES. NO GEOMETRIC OR ADP RESTRAINTS APPLIED TO IRON ATOM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 3265 10 %EVERY 10TH REFLECTION
all0.1397 32653 --
obs0.1377 -97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. V. 91 (1973) 201-228.
Refine analyzeNum. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 642 / Occupancy sum non hydrogen: 822.83
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数724 0 43 151 918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.148
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.13
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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