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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cso | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-ILE18I IN COMPLEX WITH SGPB | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / BETA-BRANCHED P1 RESIDUE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Deleterious effects of beta-branched residues in the S1 specificity pocket of Streptomyces griseus proteinase B (SGPB): crystal structures of the turkey ovomucoid third domain variants ...タイトル: Deleterious effects of beta-branched residues in the S1 specificity pocket of Streptomyces griseus proteinase B (SGPB): crystal structures of the turkey ovomucoid third domain variants Ile18I, Val18I, Thr18I, and Ser18I in complex with SGPB. 著者: Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cso.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cso.ent.gz | 41.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cso | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: K1 / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5585.289 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN ILE18-OMTKY3 / Mutation: DEL 1-5, L18I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) Cell: egg / プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 4000 sodium potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000H / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 116073 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 6.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / % possible all: 42.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 34403 / Num. obs: 10251 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.137 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.14 Å / % possible obs: 73.2 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'TNT' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection all: 10251 / Rfactor all: 0.191 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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