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- PDB-1csl: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RRE HIGH AFFINITY SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1csl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RRE HIGH AFFINITY SITE
要素
  • 5'-R(*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*AP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*UP*U)-3'
キーワードRNA / RRE HIGH AFFINITY SITE / HIV-1
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ippolito, J.A. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structure of the HIV-1 RRE high affinity rev binding site at 1.6 A resolution.
著者: Ippolito, J.A. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*AP*A)-3'
B: 5'-R(*UP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9892
ポリマ－8,9892
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.5, 24.3, 46.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 116.7, 90
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*AP*A)-3'


分子量: 4242.646 Da / 分子数: 1 / 断片: HIGH AFFINITY REV BINDING SITE / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN RRE OF HIV-1
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*UP*U)-3'


分子量: 4746.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: LITHIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LI2SO411
2MGSO411
3SODIUM CACODYLATE11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMprotein1drop
21.8 M1reservoirLi2SO4
310 mM1reservoirMgSO4
450 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 9651 / Num. obs: 9651 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 81
反射
*PLUS
Num. measured all: 30269
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 17752510.83 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL., ACTA CRYST. D, 52 (1996) 57-64
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 993 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 9640 96.3 %-
all-9640 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4733 Å2 / ksol: 0.411304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-0.83 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---1.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 595 0 144 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.142.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 69 8.7 %
Rwork0.295 723 -
obs--81.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAM / Topol file: DNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg29.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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