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- PDB-1wvz: Solution Structure of the D2 Domain of the Fibroblast Growth Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wvz
タイトルSolution Structure of the D2 Domain of the Fibroblast Growth Factor
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE / Fibroblast Growth Factor receptor / heparin / tumor / angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / otic vesicle formation / prostate gland morphogenesis / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / branching morphogenesis of a nerve / morphogenesis of embryonic epithelium / embryonic organ morphogenesis / bud elongation involved in lung branching / endochondral bone growth / epidermis morphogenesis / reproductive structure development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / limb bud formation / embryonic digestive tract morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / membranous septum morphogenesis / gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of phospholipase activity / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / FGFR2b ligand binding and activation / lung lobe morphogenesis / branching involved in prostate gland morphogenesis / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / fibroblast growth factor receptor activity / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic cranial skeleton morphogenesis / embryonic pattern specification / lung-associated mesenchyme development / pyramidal neuron development / regulation of smoothened signaling pathway / outflow tract septum morphogenesis / bone morphogenesis / mesodermal cell differentiation / digestive tract development / odontogenesis / ureteric bud development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / skeletal system morphogenesis / organ growth / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / inner ear morphogenesis / lung alveolus development / prostate epithelial cord elongation / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / PI-3K cascade:FGFR2 / midbrain development / bone mineralization / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor binding / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of keratinocyte proliferation / cell fate commitment / embryonic organ development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of Wnt signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR2 / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to retinoic acid / FRS-mediated FGFR2 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / epithelial cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of cell cycle / lung development / axonogenesis / excitatory synapse / positive regulation of epithelial cell proliferation / animal organ morphogenesis / post-embryonic development / Negative regulation of FGFR2 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / bone development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / protein autophosphorylation
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 2 / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
Model type detailsminimized average
データ登録者Hung, K.W. / Kumar, T.K.S. / Yu, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the D2 Domain of the Fibroblast Growth Factor
著者: Hung, K.W. / Kumar, T.K.S. / Yu, C.
履歴
登録2004年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0551
ポリマ－12,0551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / Keratinocyte growth factor receptor 2


分子量: 12054.738 Da / 分子数: 1 / 断片: D2 domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9UQH9, UniProt: P21802*PLUS, EC: 2.7.1.112
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM Fibroblast Growth Factor Receptor, U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer (pH 6.5) containing 20mM NaCl, 50mM ammonium sulfate; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20mM phosphate buffer containing 20mM NaCl and 50mM ammonium sulfate
pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS3.1構造決定
CNS3.1精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 975 are NOE-derived distance constraints, 157 dihedral angle resraints, 39 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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