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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cs4 | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENYLYL CYCLASE: COMPLEX WITH 2'-DEOXY-ADENOSINE 3'-MONOPHOSPHATE, PYROPHOSPHATE AND MG | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE/LYASE/SIGNALING PROTEIN / COMPLEX (LYASE-HYDROLASE) / HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN / CYCLASE / EFFECTOR ENZYME / LYASE-HYDROLASE COMPLEX / LYASE-LYASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity ...Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / adenylate cyclase binding / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / adenylate cyclase activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cilium / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / manganese ion binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / intracellular signal transduction / membrane raft / GTPase activity / dendrite / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tesmer, J.J.G. / Dessauer, C.A. / Sunahara, R.K. / Johnson, R.A. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Molecular basis for P-site inhibition of adenylyl cyclase. 著者: Tesmer, J.J. / Dessauer, C.W. / Sunahara, R.K. / Murray, L.D. / Johnson, R.A. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R. #1: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domains of Adenylyl Cyclase in a Complex with Gs(Alpha)-GTP(Gamma)S 著者: Tesmer, J.J.G. / Sunahara, R.K. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cs4.cif.gz | 164.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cs4.ent.gz | 125.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cs4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cs4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cs4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1cs4_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cs4_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1cs4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Biological assembly is a heterotrimer as it exists in the asymmetric unit. But then, you never know for sure. |
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 25526.514 Da / 分子数: 1 / 断片: C1A DOMAIN / 変異: V476M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 器官: HEART / プラスミド: PQE60-H6-VC1(580) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: N-TERMINAL HEXAHISTADINE TAG / 参照: UniProt: P30803, adenylate cyclase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23717.033 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PQE60-ARGC-IIC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26769, adenylate cyclase |
#3: タンパク質 | 分子量: 45769.527 Da / 分子数: 1 / 断片: GS(ALPHA) / 変異: TRYPSINIZED, SHORT FORM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: NOSTRIL / プラスミド: PQE60-GSALPHA-H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04896 |
-非ポリマー , 8種, 86分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FOK / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-POP / | #8: 化合物 | ChemComp-101 / | #9: 化合物 | ChemComp-CL / | #10: 化合物 | ChemComp-GSP / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM MES BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.921 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 39407 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.815 / Num. unique all: 5757 / % possible all: 99.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: CNS
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 50.9 Å2 |