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- PDB-1crz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI TOLB PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1crz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI TOLB PROTEIN
要素TOLB PROTEIN
キーワードTOXIN BINDING PROTEIN / TWO DOMAINS: BETA PROPELLER AND ALPHA/BETA FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / cell cycle / protein domain specific binding ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / cell cycle / protein domain specific binding / cell division / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane
類似検索 - 分子機能
TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase ...TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Abergel, C. / Bouveret, E. / Claverie, J.-M. / Brown, K. / Rigal, A. / Lazdunski, C. / Benedetti, H.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Escherichia coli TolB protein determined by MAD methods at 1.95 A resolution.
著者: Abergel, C. / Bouveret, E. / Claverie, J.M. / Brown, K. / Rigal, A. / Lazdunski, C. / Benedetti, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic study of a component of the E. coli Tol system: TolB
著者: Abergel, C. / Rigal, A. / Chenivesse, S. / Lazdunski, C. / Claverie, J.-M. / Bouveret, E. / Benedetti, H.
履歴
登録1999年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOLB PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2081
ポリマ－43,2081
非ポリマー00
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.180, 40.500, 76.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TOLB PROTEIN


分子量: 43207.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTOLBHIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A855
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, SODIUM CHLORIDE, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: Bourveret, E., (1998) These et Doctrat. Universite Aix-Marseille II.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11051
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM1410.9787
シンクロトロンESRF BM1420.9789
シンクロトロンESRF BM1430.8856
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年5月11日
2
3
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97891
30.88561
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 25148 / Num. obs: 25138 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 17.751 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / % possible all: 84.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 360642
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2495 -RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.188 25138 --
obs0.188 25138 94.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 0 458 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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