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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cqo | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR STRUCTURE OF THE PALINDROMIC DNA DECAMER D(GCGTTAACGC)2 | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-d(*![]() DNA / DOUBLE HELIX / B-DNA / RESTRICTION SITE / HPA 1 | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / Restrained molecular dynamics. Relaxation matrix refinement. | ![]() Smith, J.A. / Tsui, V.T. / Chazin, W.J. / Case, D.A. | ![]() ![]() タイトル: NMR Structure of the Palindromic DNA Decamer d(GCGTTAACGC)2 著者: Smith, J.A. / Tsui, V.T. / Chazin, W.J. / Case, D.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 313.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is the Hpa1 restriction site. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 50mM NaCl, 20mM NaPO4 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Restrained molecular dynamics. Relaxation matrix refinement. ソフトェア番号: 1 詳細: Direct relaxation matrix refinement with explicit solvent. Details in primary citation. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |