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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cp9 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PENICILLIN G ACYLASE FROM THE BRO1 MUTANT STRAIN OF PROVIDENCIA RETTGERI | |||||||||
要素 | (Penicillin G amidase) x 2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMIDOHYDROLASE / NTN-HYDROLASE FOLD / N-TERMINAL PYROGLUTAMATE / PENICILLIN BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Providencia rettgeri (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | McDonough, M.A. / Klei, H.E. / Kelly, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of penicillin G acylase from the Bro1 mutant strain of Providencia rettgeri. 著者: McDonough, M.A. / Klei, H.E. / Kelly, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cp9.cif.gz | 182.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cp9.ent.gz | 140.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cp9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cp9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1pnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23717.307 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-228 / 変異: M140L / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAIN A IS ALPHA-SUBUNIT / 由来: (天然) Providencia rettgeri (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / Variant: 31052 / 参照: UniProt: Q7WZI9 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 62215.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 285-837 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAIN B IS BETA-SUBUNIT / 由来: (天然) Providencia rettgeri (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / Variant: 31052 / 参照: UniProt: Q7WZI9 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30-45% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL, 50 MM K2HPO4, 0.02% W/V SODIUM AZIDE, PH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月31日 / 詳細: 0.3MM COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39576 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.5 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 16.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 239869 / Rmerge(I) obs: 0.115 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.3 % / Rmerge(I) obs: 0.291 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODIFIED PDB ENTRY 1PNK 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: PRESENCE OF ANOMALOUS SIGNAL, REFINEMENT CARRIED OUT WITH BIJVOET PAIRS UNMERGED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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