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- PDB-1cou: ANTICOAGULANT PROTEIN FROM THE NEMATODE ANCYLOSTOMA CANINUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cou
タイトルANTICOAGULANT PROTEIN FROM THE NEMATODE ANCYLOSTOMA CANINUM
要素PROTEIN (NEMATODE ANTICOAGULANT PROTEIN C2)
キーワードBLOOD CLOTTING / ANTICOAGULANT / PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / Laminin / Laminin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Ribbon / Mainly Beta / Anti-coagulant protein C2
機能・相同性情報
生物種Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Duggan, B.M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Inherent flexibility in a potent inhibitor of blood coagulation, recombinant nematode anticoagulant protein c2.
著者: Duggan, B.M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録1999年5月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEMATODE ANTICOAGULANT PROTEIN C2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7581
ポリマ－9,7581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST ENERGIES
代表モデルモデル #14

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEMATODE ANTICOAGULANT PROTEIN C2) / NAPC2


分子量: 9757.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q16938
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQ-COSY
13115N HSQC
14115N NOESY-HSQC
15115N TOCSY-HSQC
16115N HSQC-NOESY-HSQC
171HNHA
18113C HSQC
19115N {1H} NOE

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試料調製

詳細内容: 0.050 M NACL, 0.000020 M DSS AND EITHER 95% H2O/5% D2O OR 99.99% D2O
試料状態イオン強度: 0.05 M / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002
Bruker DMX750BrukerDMX7507503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber5.1CASE, PEARLMAN, CALDWELL, CHEATHAM, ROSS, SIMMERLING, DARDEN, MERZ, SEIBEL, STANTON, CHENG, VINCENT, CROWLEY, FERGUSON, RADMER, SINGH, WEINER, KOLLMAN精密化
Felix95構造決定
Felix97構造決定
DYANA構造決定
Amber5.1構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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