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- PDB-1col: REFINED STRUCTURE OF THE PORE-FORMING DOMAIN OF COLICIN A AT 2.4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1col
タイトルREFINED STRUCTURE OF THE PORE-FORMING DOMAIN OF COLICIN A AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素COLICIN A
キーワードANTIBACTERIAL PROTEIN (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / defense response to Gram-negative bacterium / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Colicin / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / Globin-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Parker, M.W. / Postma, J.P.M. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined structure of the pore-forming domain of colicin A at 2.4 A resolution.
著者: Parker, M.W. / Postma, J.P. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Fluorescence Energy Transfer Distance Measurements Using Site-Directed Single Cysteine Mutants
著者: Lakey, J.H. / Baty, D. / Pattus, F.
#2: ジャーナル: Experientia / 年: 1990
タイトル: Colicins: Prokaryotic Killer-Pores
著者: Pattus, F. / Massotte, D. / Wilmsen, H.U. / Lakey, J. / Tsernoglou, D. / Tucker, A. / Parker, M.W.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Structure of the Membrane-Pore-Forming Fragment of Colicin A
著者: Parker, M.W. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D.
#4: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1988
タイトル: The Membrane Channel-Forming Colicin A: Synthesis, Secretion, Structure, Action and Immunity
著者: Lazdunski, C.J. / Baty, D. / Geli, V. / Cavard, D. / Morlon, J. / Howard, R.Lloubes.S.P. / Knibiehler, M. / Chartier, M. / Varenne, S. / Frenette, M. / Dasseux, J.-L. / Pattus, F.
#5: ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 1987
タイトル: Gating Processes of Channels Induced by Colicin A, its C-Terminal Fragment and Colicin E1 in Planar Lipid Bilayers
著者: Collarini, M. / Amblard, G. / Lazdunski, C. / Pattus, F.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallization of the C-Terminal Domain of Colicin A Carrying the Voltage-Dependent Pore Activity of the Protein
著者: Tucker, A.D. / Pattus, F. / Tsernoglou, D.
履歴
登録1991年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN A
B: COLICIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6362
ポリマ－43,6362
非ポリマー00
水1,49583
1
A: COLICIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8181
ポリマ－21,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: COLICIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8181
ポリマ－21,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.000, 73.000, 171.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.47345, -0.01458, 0.88043), (0.02549, -0.99942, -0.03027), (0.88018, 0.03679, -0.47323)
ベクター: -8.972, 90.1, 15.452)

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要素

#1: タンパク質 COLICIN A


分子量: 21818.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47108
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 190.133-134 1986
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1dropg
250 mMcitrate1dropcan be replaced with succinate
32.3 Mammonium sulfate1drop
450 mMcitrate1reservoircan be replaced with succinate
52.3 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 10024 / Observed criterion σ(F): 3 / Rmerge F obs: 0.244

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→6 Å / Rfactor obs: 0.18
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 0 83 3041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0490.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.93
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.94.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.46
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1570.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2440.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3740.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1980.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor31.620
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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