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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1col | ||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURE OF THE PORE-FORMING DOMAIN OF COLICIN A AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | COLICIN A | ||||||
キーワード | ANTIBACTERIAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / defense response to Gram-negative bacterium / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Parker, M.W. / Postma, J.P.M. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refined structure of the pore-forming domain of colicin A at 2.4 A resolution. 著者: Parker, M.W. / Postma, J.P. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Fluorescence Energy Transfer Distance Measurements Using Site-Directed Single Cysteine Mutants 著者: Lakey, J.H. / Baty, D. / Pattus, F. #2: ジャーナル: Experientia / 年: 1990 タイトル: Colicins: Prokaryotic Killer-Pores 著者: Pattus, F. / Massotte, D. / Wilmsen, H.U. / Lakey, J. / Tsernoglou, D. / Tucker, A. / Parker, M.W. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Structure of the Membrane-Pore-Forming Fragment of Colicin A 著者: Parker, M.W. / Pattus, F. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. #4: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1988 タイトル: The Membrane Channel-Forming Colicin A: Synthesis, Secretion, Structure, Action and Immunity 著者: Lazdunski, C.J. / Baty, D. / Geli, V. / Cavard, D. / Morlon, J. / Howard, R.Lloubes.S.P. / Knibiehler, M. / Chartier, M. / Varenne, S. / Frenette, M. / Dasseux, J.-L. / Pattus, F. #5: ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 1987 タイトル: Gating Processes of Channels Induced by Colicin A, its C-Terminal Fragment and Colicin E1 in Planar Lipid Bilayers 著者: Collarini, M. / Amblard, G. / Lazdunski, C. / Pattus, F. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 タイトル: Crystallization of the C-Terminal Domain of Colicin A Carrying the Voltage-Dependent Pore Activity of the Protein 著者: Tucker, A.D. / Pattus, F. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1col.cif.gz | 84.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1col.ent.gz | 65.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1col.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1col_validation.pdf.gz | 378.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1col_full_validation.pdf.gz | 398.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1col_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1col_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1col ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1col | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.47345, -0.01458, 0.88043), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21818.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47108 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 190.133-134 1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 10024 / Observed criterion σ(F): 3 / Rmerge F obs: 0.244 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→6 Å / Rfactor obs: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |