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- PDB-1coa: THE EFFECT OF CAVITY CREATING MUTATIONS IN THE HYDROPHOBIC CORE O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1coa
タイトルTHE EFFECT OF CAVITY CREATING MUTATIONS IN THE HYDROPHOBIC CORE OF CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jackson, S.E. / Moracci, M. / Elmasry, N. / Johnson, C.M. / Fersht, A.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Effect of cavity-creating mutations in the hydrophobic core of chymotrypsin inhibitor 2.
著者: Jackson, S.E. / Moracci, M. / elMasry, N. / Johnson, C.M. / Fersht, A.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987
タイトル: Crystal and Molecular Structure of the Serine Proteinase Inhibitor Ci-2 from Barley Seeds
著者: Mcphalen, C.A. / James, M.N.G.
履歴
登録1993年5月14日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3011
ポリマ－7,3011
非ポリマー00
水57632
1
I: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,60712
ポリマ－87,60712
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.925, 68.925, 53.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-114-

HOH

21I-115-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2


分子量: 7300.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P01053
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ICI2_HORVU SWISS-PROT RESIDUE PDB ATOM RECORDS NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE LEU 20 MET 20 GLN 78 GLU 78

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化
*PLUS
温度: 4-6 ℃ / pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 %(w/v)ammonium sulfate1dropprecipitant
250 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 35386 / % possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→13.7 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.171 35386
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→13.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数512 0 0 32 544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.202
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0580.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0660.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2281.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9642
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9382
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.6283
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1520.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1680.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1760.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.1683
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.35820
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor15.62115
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 35386 / Rfactor all: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.1 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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