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- PDB-1cn3: INTERACTION OF POLYOMAVIRUS INTERNAL PROTEIN VP2 WITH MAJOR CAPSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cn3
タイトルINTERACTION OF POLYOMAVIRUS INTERNAL PROTEIN VP2 WITH MAJOR CAPSID PROTEIN VP1 AND IMPLICATIONS FOR PARTICIPATION OF VP2 IN VIRAL ENTRY
要素
  • COAT PROTEIN VP1
  • FRAGMENT OF COAT PROTEIN VP2
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL COAT PROTEIN VP1 / VIRAL COAT PROTEIN VP2 / VIRAL ENTRY
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus coat protein VP2 / Polyomavirus coat protein / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Minor capsid protein VP2 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, X. / Stehle, T. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Interaction of polyomavirus internal protein VP2 with the major capsid protein VP1 and implications for participation of VP2 in viral entry.
著者: Chen, X.S. / Stehle, T. / Harrison, S.C.
履歴
登録1999年5月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN VP1
B: COAT PROTEIN VP1
C: COAT PROTEIN VP1
D: COAT PROTEIN VP1
E: COAT PROTEIN VP1
F: FRAGMENT OF COAT PROTEIN VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,3056
ポリマ－160,3056
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24740 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area52860 Å2
手法PISA
2
A: COAT PROTEIN VP1
B: COAT PROTEIN VP1
C: COAT PROTEIN VP1
D: COAT PROTEIN VP1
E: COAT PROTEIN VP1
F: FRAGMENT OF COAT PROTEIN VP2

A: COAT PROTEIN VP1
B: COAT PROTEIN VP1
C: COAT PROTEIN VP1
D: COAT PROTEIN VP1
E: COAT PROTEIN VP1
F: FRAGMENT OF COAT PROTEIN VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,61012
ポリマ－320,61012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area51720 Å2
ΔGint-312 kcal/mol
Surface area103480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.000, 219.000, 99.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
COAT PROTEIN VP1


分子量: 31501.611 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 35-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Polyomavirus (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 発現宿主: Erinaceus europaeus (ナミハリネズミ) / 参照: UniProt: P49302
#2: タンパク質・ペプチド FRAGMENT OF COAT PROTEIN VP2


分子量: 2797.157 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 279-297 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence from COAT PROTEIN VP2 / 参照: UniProt: P12908

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶化
*PLUS
pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %PEG60001reservoir
20.5 Mammonium sulfate1reservoir
310 mMdithiothreitol1reservoir
410 %glycerol1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 25000 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.15

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 --RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-25000 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11261 0 0 0 11261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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