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- PDB-1cmk: CRYSTAL STRUCTURES OF THE MYRISTYLATED CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cmk
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF THE MYRISTYLATED CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REVEAL OPEN AND CLOSED CONFORMATIONS
要素
  • cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PHOSPHOTRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling ...negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / Mitochondrial protein degradation / sperm capacitation / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / plasma membrane raft / axoneme / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / protein export from nucleus / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / mRNA processing / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / manganese ion binding / cellular response to heat / protein phosphorylation / protein kinase activity / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / MYRISTIC ACID / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zheng, J. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. / Ten Eyck, L.F.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of the myristylated catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase reveal open and closed conformations.
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. / Ten Eyck, L.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of the Mammalian Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase and a Di-Iodinated Pki(5-24) Inhibitor Peptide Displays an Open Conformation
著者: Karlsson, R. / Zheng, J. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: 2.2 Angstroms Refined Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with Mnatp and a Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Trafny, E.A. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Ten Eyck, L.F. / Sowadski, J.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with Mgatp and Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Ten Eyck, L.F. / Karlsson, R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Ten Eyck, L.F. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Ten Eyck, L.F. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Expression of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase in Escherichia Coli
著者: Slice, L.W. / Taylor, S.S.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Differential Labeling and Identification of the Cysteine-Containing Tryptic Peptides of Catalytic Subunit from Porcine Heart Camp-Dependent Protein Kinase
著者: Nelson, N.C. / Taylor, S.S.
履歴
登録1993年11月18日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
E: MYRISTIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6405
ポリマ－43,1582
非ポリマー4823
水00
1
E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,84230
ポリマ－258,94912
非ポリマー2,89318
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_555-y+3/4,-x+3/4,-z+3/41
crystal symmetry operation19_555-x+3/4,-z+3/4,-y+3/41
crystal symmetry operation24_555-z+3/4,-y+3/4,-x+3/41
単位格子
Length a, b, c (Å)171.520, 171.520, 171.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Atom site foot note1: PHE E 327 - ASP E 328 OMEGA = 142.09 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ILE I 18 - HIS I 19 OMEGA = 114.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: HIS I 19 - ASP I 20 OMEGA = 138.47 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: THE MODEL HAS 2 COVALENTLY BOUND PHOSPHATES, ON THR 197, AND SER 338. THESE PHOSPHATES HAVE BEEN IDENTIFIED AS RESIDUES PO4 382 AND PO4 383.

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要素

#1: タンパク質 cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT


分子量: 40705.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: HEART
参照: UniProt: P00517, UniProt: P36887*PLUS, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form


分子量: 2452.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE THE SEQUENCE OF THE MAMMALIAN CA-SUBUNIT PRESENTED IN THIS ENTRY DIFFERS ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE THE SEQUENCE OF THE MAMMALIAN CA-SUBUNIT PRESENTED IN THIS ENTRY DIFFERS FROM THE MOUSE RECOMBINANT C-SUBUNIT AT THE FOLLOWING POSITIONS: SWISS-PROT ENTRY NAME: KAPA_MOUSE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE THR 32 ASN E 32 SER 34 ALA E 34 GLN 39 HIS E 39 ASP 44 GLU E 44 SER 65 THR E 65 TYR 69 PHE E 69 PHE 108 TYR E 108 ALA 124 PRO E 124 ASN 286 ASP E 286 THR 348 SER E 348

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.62 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Knighton, D.R., (1991) J. Mol. Biol., 220, 217.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 20940 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR2モデル構築
X-PLOR2精密化
X-PLOR2位相決定
精密化解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rwork: 0.233 / Rfactor obs: 0.233 / σ(F): 2
詳細: THE MAMMALIAN BINARY COMPLEX ADOPTED A DIFFERENT CONFORMATION THAN THE RECOMBINANT BINARY COMPLEX, PROTEIN DATA BANK ENTRY 2CPK. HOWEVER, MOST CONFORMATION CHANGES HAPPENED AT THE INTERFACE ...詳細: THE MAMMALIAN BINARY COMPLEX ADOPTED A DIFFERENT CONFORMATION THAN THE RECOMBINANT BINARY COMPLEX, PROTEIN DATA BANK ENTRY 2CPK. HOWEVER, MOST CONFORMATION CHANGES HAPPENED AT THE INTERFACE BETWEEN TWO LOBES. THE SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENTS ARE THE SAME FOR EACH DOMAIN EXCEPT THE A HELIX, WHICH EXTENDS THREE MORE TURNS DUE TO THE STABILIZATION OF THE MYRISTYL GROUP. THIS MAKES THE ELECTRON DENSITY MORE VISIBLE IN THIS REGION. THE REGION BETWEEN RESIDUES 320 - 330 HAS POOR ELECTRON DENSITY.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 17 0 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: V2.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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