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- PDB-1clx: CATALYTIC CORE OF XYLANASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1clx
タイトルCATALYTIC CORE OF XYLANASE A
要素XYLANASE A
キーワードXYLANASE / FAMILY-F XYLANASE FAMILY 10 GLYCOSYL-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain ...Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Harris, G.W. / Jenkins, J.A. / Connerton, I. / Pickersgill, R.W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Refined crystal structure of the catalytic domain of xylanase A from Pseudomonas fluorescens at 1.8 A resolution.
著者: Harris, G.W. / Jenkins, J.A. / Connerton, I. / Pickersgill, R.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Beta-Glucosidase, Beta-Galactosidase, Family a Cellulases, Family F Xylanases and Two Barley Glycanases Form a Superfamily of Enzymes with 8-Fold Beta/Alpha Architecture and with Two ...タイトル: Beta-Glucosidase, Beta-Galactosidase, Family a Cellulases, Family F Xylanases and Two Barley Glycanases Form a Superfamily of Enzymes with 8-Fold Beta/Alpha Architecture and with Two Conserved Glutamates Near the Carboxy-Terminal Ends of Beta-Strands Four and Seven
著者: Jenkins, J. / Lo Leggio, L. / Harris, G. / Pickersgill, R.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Structure of the Catalytic Core of the Family F Xylanase from Pseudomonas Fluorescens and Identification of the Xylopentaose-Binding Sites
著者: Harris, G.W. / Jenkins, J.A. / Connerton, I. / Cummings, N. / Lo Leggio, L. / Scott, M. / Hazlewood, G.P. / Laurie, J.I. / Gilbert, H.J. / Pickersgill, R.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Catalytic Domain of Xylanase a from Pseudomonas Fluorescens Subspecies Cellulosa
著者: Pickersgill, R.W. / Jenkins, J.A. / Scott, M. / Connerton, I. / Hazlewood, G.P. / Gilbert, H.J.
履歴
登録1995年8月31日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE A
B: XYLANASE A
C: XYLANASE A
D: XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,0028
ポリマ－153,8424
非ポリマー1604
水19,9611108
1
A: XYLANASE A
B: XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0014
ポリマ－76,9212
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: XYLANASE A
D: XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0014
ポリマ－76,9212
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.110, 97.320, 151.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
XYLANASE A


分子量: 38460.477 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
株: CELLULOSA / 遺伝子: TRUNCATED XYNA (CODONS 264-611 / プラスミド: PET3A / 遺伝子 (発現宿主): TRUNCATED XYNA (CODONS 264-611) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14768, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURE IS OF THE CATALYTIC CORE OF XYLANASE A; THE COMPLETE XYLANASE WOULD ALSO CONSIST OF A ...THE STRUCTURE IS OF THE CATALYTIC CORE OF XYLANASE A; THE COMPLETE XYLANASE WOULD ALSO CONSIST OF A CELLULOSE BINDING DOMAIN AND A LINKER AS WELL AS THE CATALYTIC BINDING DOMAIN. A TRUNCATED GENE ENCODING THE CARBOXY-TERMINAL DOMAIN (I.E. THE CATALYTIC CORE) WAS EXPRESSED INDEPENDENTLY OF THE CELLULOSE BINDING DOMAIN AND THE LINKER.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
123.3 mg/mlprotein1drop
22.2-2.7 %PEG34001drop
366.7 mMphosphate1drop
410-12 %PEG34001reservoir
5200 mMphosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.92
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年1月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 105167 / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
最高解像度: 1.79 Å / 最低解像度: 6.92 Å / Num. measured all: 703625
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.79 Å / 最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 61.5 % / Num. unique obs: 7963 / Num. measured obs: 27549 / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
RESTRAIN精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.166 -
obs-103749
原子変位パラメータBiso mean: 16.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10800 0 4 1108 11912
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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